Po zamachach z 11 września 2001 r. CIA staje się kluczowym narzędziem amerykańskiej reakcji. W Afganistanie agenci tropią Osamę bin Ladena, próbują zawrzeć porozumienie z talibami, i są świadkami upadku Kabulu. Walka z terroryzmem służy też do uzasadnienia wojny w Iraku. Przekazując fałszywe informacje, CIA znajduje się w centrum decyzji, które wciągają USA w wojnę opartą na błędnych przesłankach.

Wojna wikła CIA w stosowanie tortur, co podsyca niechęć wobec USA i przyczynia się do powstania Al-Kaidy w Iraku pod wodzą Abu Musaba al-Zarkawiego. Za czasów prezydenta Baraka Obamy CIA koncentruje siły na schwytaniu bin Ladena. Agenci namierzają jego kryjówkę w Abbottabad i przygotowują grunt pod operację "Włócznia Neptuna".