A gépek ellen vívott háborúban Neo (Keanu Reeves) nyomtalanul eltűnik, ezért mindenki halottnak hiszi. Ám 60 évvel később Neo játéktervezőként újra felbukkan a Mátrixban. Mivel úgy érzi, hogy a Mátrix nevű videójáték eseményei a valóságban is megtörténtek, pszichiátriai kezelésre jár, és téveszméire rendszeresen szedi a kék pirulát. Morpheus (Yahya Abdul-Mateen II) azonban rátalál, és társai,…