Scooby-Doo, accompagné de l'équipe de "Mystère & Cie", traverse les continents à la recherche d'un trésor qui leur permettrait de résoudre des énigmes ancestrales. Ils doivent faire plus vite que le dangereux Samouraï Noir, en quête d'un sabre magique, qui apporte d'incroyables pouvoirs...