Dziewczyna-cyborg budzi się ze śpiączki i nie pamięta gdzie, ani kim jest. Przebywa pod bezpieczną opieką doktora, ale kiedy przypadkiem odzyskuje pamięć, jej życie zmienia się nie do poznania. Alita zostaje obudzona przez doktora Ido, który dzięki przeprowadzonym badaniom, wie że w ciele cyborga znajduje się serce oraz dusza młodej kobiety o niezwykłej przeszłości.