Oddział kapitana Duke'a Haussera, eskortujący zaawansowaną technologicznie broń, zostaje zaatakowany przez komandosów Any DeCobray, zwanej Baronową. Skradziony ładunek trafia w ręce niebezpiecznego Destro, handlarza bronią. Kapitan Hausser wkrótce dołącza do elitarnej jednostki G.I. Joe, która uratowała mu życie. Razem z nowymi towarzyszami staje do walki z Destro i tajemniczą organizacją Kobra.