W niedalekiej przyszłości tajemniczy cyberterrorysta Laughing Man staje się głównym podejrzanym w serii głośnych ataków wymierzonych w potężne korporacje technologiczne. Sekcja 9 rozpoczyna dochodzenie. Kim jest Laughing Man, jakie są jego motywy i jak go złapać? Motoko Kusanagi próbuje znaleźć odpowiedzi na te pytania.