Rok 2029. W świecie, w którym ludzkie ciała można zastąpić cybernetycznymi powłokami, a świadomość połączyć z siecią, major Motoko Kusanagi z elitarnej Sekcji 9 tropi tajemniczego hakera znanego jako Władca Marionetek. Śledztwo prowadzi ją do odkrycia spisku, który podważa granice między człowiekiem a maszyną oraz zmusza do zadania pytania o naturę własnej tożsamości.