Rok po wydarzeniach z „Resident Evil: Zagłada” Alice i jej klony prowadzą atak na siedzibę korporacji Umbrella w Tokio, zabijając całą gałąź z wyjątkiem Alberta Weskera, który ucieka samolotem i detonuje bombę niszczącą cały kompleks i okolicę w promieniu kilkunastu kilometrów. Prawdziwa Alice wchodzi na pokład wcześniej i próbuje zabić Weskera.