Po udaremnieniu planu Bowsera Mario i Luigi muszą zmierzyć się z nowym zagrożeniem. Bowser Jr. jest zdeterminowany, by uwolnić swojego ojca i przywrócić potęgę jego rodu. Wraz ze starymi i nowymi sojusznikami bracia wyruszają w międzygwiezdną podróż, przemierzając kolejne planety, aby powstrzymać ambitnego przeciwnika i pokrzyżować jego plany.