Jason Bourne odkrywa, że tajny program Treadstone, związany z jego przeszłością, został przemianowany na Blackbriar. Prześladowany przez niejasne wspomnienia i ścigany przez nową generację agentów CIA, przemierza świat, by wrócić do początku i dowiedzieć się, kto i po co go stworzył. Jego droga prowadzi do Nowego Jorku.