Dexter s'inquiète du sort de Debra. En effet, sa jeune soeur se remet très difficilement de ses récentes mésaventures. Pourra-t-elle oublier ce qu'elle a vécu ? Parallèlement, les choses se compliquent pour lui. En effet, l'officier James Doakes le soupçonne et passe son temps à le surveiller...

Lors d'une expédition au large du port de Miami, des plongeurs tentent de retrouver un bateau qui a sombré. Ils finissent par découvrir des sacs remplis de membres humains. La cache de Dexter est mise au jour et la presse s'empare de l'affaire. Le FBI confie l'enquête à l'agent spécial Lundy...

En plus de la surveillance menée quotidiennement par le sergent Doakes, Dexter doit faire face aux soupçons de Rita. En effet, elle s'est rendu compte des déplacements nocturnes de Dexter. Elle en est sûre, son ami se drogue en cachette. Rita insiste donc pour qu'il se rende aux toxicomanes anonymes...

Dexter se rapproche de Lila, qui le comprend de mieux en mieux. LaGuerta reprend la direction du service et quitte Bertrand. L'étau se resserre autour de Dexter : Lundy et Masuka ont découvert une algue qui pourrait localiser la marina où se trouve le bateau du terrible Boucher de Bay Harbor...

Les résultats de l'analyse des algues permettent à la police de concentrer les recherches du bateau du Boucher de Bay Harbour à trois marinas. Dexter retrouve l'un des meurtriers de sa mère. Il décide de l'affronter et Lila insiste pour l'accompagner. Dans le même temps, Dexter se sent menacé par l'enquête...

Un tueur en série, Ken Olson, imite les meurtres de Dexter, qui en profite pour couvrir ses traces. Il découvre aussi qu'il a été filmé en train de nettoyer son bateau, et que le FBI prendra totalement le contrôle de l'enquête si la police ne parvient pas à régler l'affaire. Parallèlement, les relations de Dexter et de Rita se détériorent, Rita ayant appris que Dexter a passé la nuit avec Lila...

Dexter fait de son mieux pour brouiller les pistes dans l'enquête de la police, mais il sait qu'il devra redoubler de vigilance à l'avenir. Il parvient cependant à se débarrasser durablement du sergent Doakes. Lila, de son côté, fait tout ce qui est en son pouvoir pour se rapprocher de Dexter...

Dexter héberge Lila après l'incendie de son appartement. Mais il a des doutes sur l'origine du feu et se méfie de Lila, dont le comportement obsessionnel commence à l'inquiéter. De son côté, Rita annonce à Dexter qu'elle n'accepte plus ses visites inopinées, même dans le but de voir les enfants...

Dexter se rend compte qu'il aura du mal à se défaire de Lila avec tout ce qu'elle sait. Il lui demande de lui pardonner son aventure. Constamment surveillé et sous pression, Dexter fait des erreurs. Doakes découvre un indice de taille et demande de l'aide dans sa lutte pour démasquer Dexter...

Acculé par le sergent Doakes, Dexter n'a plus le choix : il est contraint d'improviser pour ne pas se retrouver sous les verrous. Très vite, Lundy et son équipe du FBI se lancent à la recherche du policier qui ne donne plus signe de vie. Mais Dexter prend soin de multiplier les fausses pistes...

Dexter broie du noir à l'idée que son père serait incapable d'accepter les principes du code de conduite qu'il a développé. Déprimé, il envisage sérieusement de mettre un terme à son action. Doakes, de son côté, parvient à s'échapper de sa cellule. Quant à Lila, elle accuse Angel Batista de viol...

Alors que l'enquête est sur le point de se conclure, Dexter est toujours confronté à une situation délicate. Rita et lui se réconcilient, mais ils ne sont pas tranquilles pour autant, car Lila se montre de plus en plus menaçante...