Tariq Amini, un plombier de Brooklyn, est tué dans dans un attentat à la voiture piégée. Après avoir appris qu'il s'était disputé avec un ami peu de temps avant sa mort, Scola et Wallace sont témoins du meurtre de ce proche. Tout se complique lorsque la CIA se mêle de l'enquête du FBI...

Après le meurtre des Fleming, un couple très riche, le FBI se lance à la recherche de Paul Gordon, un prisonnier récemment évadé, et de son codétenu, John Pereira. Gordon est l'ancien propriétaire de la maison des Fleming. Les agents retrouvent Pereira en train d'essayer de fuir une scène de crime. La victime est son ex-épouse. Celui-ci clame son innocence et accuse Gordon...

Une bombe explose dans une bodega du Queens. L'équipe du FBI, qui craint que cet événement marque le début d'une guerre des gangs, voit ses soupçons confirmés après une deuxième explosion. Alors que Maggie et OA sont en train d'interroger un indic, un nouvel attentat est commis. Les images de vidéosurveillance permettent d'identifier un suspect...

La soeur de Sydney Ortiz, une profileuse de l'unité d'analyse comportementale, est victime d'une tentative de kidnapping. La police de New York ayant refusé d'ouvrir une enquête, Syd demande de l'aide à Castille. L'équipe découvre que l'agresseur de la jeune femme n'en est pas à son coup d'essai...

Lors d'une manifestation à l'université de Hudson, le corps de Jacob Aquino, un étudiant, est découvert dans un amphithéâtre. L'équipe s'intéresse aussitôt à la fraternité dont le défunt était membre. Les agents découvrent que Freddy Albrect, son responsable, vend de la drogue pour le compte des frères Becerra...

Après que plusieurs femmes, présentant des similitudes physiques, ont été assassinées selon le même mode opératoire, l'équipe du FBI traque un tueur en série. Maggie est persuadée que Ray Distefano, le psychopathe qu'elle a envoyé derrière les barreaux il y a douze ans et qui la harcèle depuis sa libération, n'est pas étranger à ces meurtres...

Une garde forestière est assassinée par un un tireur masqué à Governors Island. Le FBI découvre que le masque porté par le tueur est vendu par l'influenceur Duke Ducoyle pour le compte d'un théoricien du complot. Connu sous le pseudonyme de Calvin, celui-ci affirme que l'île héberge un réseau pédophile...

Trois agents des douanes sont abattus lors du braquage d'une cargaison à l'aéroport JFK. L'équipe du FBI soupçonne rapidement qu'il s'agit d'un coup monté par un fonds spéculatif qui avait commandé de l'or en provenance de Suisse. Peu de temps après, les braqueurs sont assassinés dans leur planque...

En enquêtant sur la mort d'un assistant du procureur, l'équipe découvre que la compagnie aérienne Canto est la cible d'un groupe terroriste qui menace de faire s'écraser des vols commerciaux à travers le pays. Scola ouvre la lettre du bureau du maire et apprend que les restes de Douglas ont enfin été identifiés...

Faheem Ellahie, un informateur de longue date de Jubal, lui fait faux bond. Lorsqu'il réapparaît enfin, il donne au policier une clé USB censée contenir des données importantes. En testant le support, il s'avère qu'il contient en fait un virus. Interrogé par Jubal, Faheem affirme qu'il est victime d'un chantage...

L'équipe enquête sur une fusillade qui a fait plusieurs victimes au sein d'un foyer pour sans-abris. L'arme utilisée pour la tuerie a été créée avec une imprimante 3D. Son fabricant est rapidement retrouvé et mène la police jusqu'au tireur. Celui-ci affirme qu'il ne visait qu'une seule personne, l'ex-compagne d'un baron mexicain de la drogue...

Pour piéger les frères Ocampo, à la tête d'un réseau de trafic sexuel, la police monte une opération d'infiltration. Lorsque tout tourne mal, Analis, une jeune victime des trafiquants, réussit à prendre la fuite. Le FBI tente de la retrouver pour la protéger, mais se fait devancer par Adan Ocampo...

Deux jurés qui siégeaient dans un procès contre la mafia sont assassinés. Peu de temps après, le marshal chargé de la protection du jury est tué à son tour. Cette affaire qui semblait de prime abord liée au procès pourrait bien plutôt être en lien avec le passé d'instructeur militaire de la dernière victime...

OA et Gemma, sa petite amie, profitent de leur jour de repos pour prendre le train en direction des chutes du Niagara. En cours de route, le conducteur est assassiné et les deux cents passagers pris en otages. Alors que OA fait tout son possible pour protéger les voyageurs, ses collègues du FBI découvrent le mobile des preneurs d'otages...

Lorsque deux femmes sont tuées selon le même mode opératoire, le corps couvert d'entailles, l'équipe du FBI pense avoir affaire à un imitateur du tueur en série Ray DiStefano, arrêté par Maggie dix-sept ans plus tôt. Celle-ci lui rend visite en prison et obtient son aide en échange d'une autorisation de sortie pour rendre visite à son père malade...