Après avoir quitté sa maison de Paldea, Liko se rend à Kanto pour s'inscrire à l'Académie Indigo et devenir dresseuse Pokémon, une activité très prestigieuse.
Pour tenter d'arrêter la propagation des Super Sphères, les Electacleurs Volants retournent à l'Académie Orange à Paldea pour avertir la direction du danger.