Renvoyé de la Cellule anti-terroriste, Jack Bauer travaille désormais pour le ministère de la Défense. Quand un train explose, la CAT l'appelle à la rescousse.

Alors qu'il rendait visite à son fils en compagnie de sa fille, Heller a été kidnappé. Seul témoin ayant échappé à la tragédie, Richard est interrogé.

Heller va être jugé par les terroristes pour crimes de guerre. Parallèlement, Jack se lance sur les traces de l'homme qui a enlevé le pauvre Andrew.

Jack a besoin de retrouver le terroriste. Il convainc Chloe de l'aider, même si la jeune femme est surveillée. Dina fait venir une amie de son fils à la maison.

Jack est intercepté par la police : Erin, de la CAT, l'empêche de poursuivre le terroriste. Heller essaie de convaincre sa fille de l'aider à se suicider.

Le Président donne l'ordre de détruire l'immeuble où Heller est retenu prisonnier. Driscoll et Curtis découvrent qu'une nouvelle attaque terroriste se trame.

La CAT découvre que les terroristes sont capables de prendre le contrôle des centrales nucléaires américaines. Jack et Audrey tentent d'identifier un suspect.

Six centrales nucléaires restent sous le contrôle des terroristes. Jack et Audrey se réfugient chez Tony, le temps qu'ils parviennent à identifier le traître.

Jack et Tony réussissent à mettre la main sur Henry Powell, mais celui-ci est abattu. Seul espoir pour les deux hommes : son téléphone portable.

L'un des hommes liés aux attaques terroristes du matin retient son fils en otage. Son épouse est prête à coopérer avec la CAT pour sauver la vie de son enfant.

Le nom du mari d'Audrey figure sur le bail de la société propriétaire du bâtiment où les terroristes ont monté leur plan. Jack l'interroge de façon musclée.

Maya, la fille de Driscoll, se suicide. Habib Marwan réussit à prendre la fuite. Jack s'infiltre dans une société connue sous le nom de McLennen-Forster.

A la CAT, Tony doit se faire remplacer par Michelle. De leur côté, les dirigeants de McLennen-Forster mettent des bâtons dans les roues de Jack.

Jack et Paul, poursuivis par les membres d'un commando, se retrouvent dans un magasin de vente d'armes. Une fusillade s'ensuit : Paul est blessé.

Jack est retenu prisonnier par Marwan. Désireux de détourner la CAT de ses projets, le terroriste utilise son otage pour faire diversion. Il demande à échanger Bauer contre Behrooz, laissant croire aux fédéraux que le garçon détiendrait des informations cruciales. L'échange doit avoir lieu sur un barrage...

Mitch Anderson va bientôt atteindre sa cible. La cellule antiterroriste perd la trace de Behrooz. Le Président décide de tenir une conférence de presse.

Un attentat vient d'être perpétré contre l'avion du Président, Air Force One. L'heure est grave : on ne sait pas exactement ce qui est arrivé.

Logan doit désormais prendre des décisions en tant que président des Etats-Unis. Jack réussit enfin à mettre la main sur la mallette nucléaire.

Jack Bauer outrepasse ses droits pour soutirer des informations à un témoin-clé, provoquant le courroux du Président Logan, qui réclame son arrestation.

Alors que le Président Logan se retire des opérations, Chloe analyse un disque dur récupéré auprès d'un suspect : elle découvre des schémas de détonateurs.

Le consul chinois Koo Yin a été assassiné, tué par balle. Mike souhaite couvrir l'affaire pour éviter toute confrontation regrettable avec la Chine.

Jack parvient enfin à coincer Marwan, mais il est malheureusement trop tard : le missile a été lancé sur une destination inconnue. La cellule antiterroriste va tenter de décoder les fichiers du terroriste, espérant trouver un moyen d'arrêter l'ogive nucléaire. Des millions de vies sont en jeu...

Richard Heller a été interrogé par son père, mais ses révélations semblent mener à une impasse. L'ogive nucléaire est sur le point d'atteindre sa cible.

La CAT a finalement localisé le missile perdu. Le Président Logan accepte de livrer Jack aux autorités chinoises, même s'il sait que l'agent risque de passer le restant de ses jours en prison...