L'Agent Jean, un surdoué un peu gaffeur, est membre de l'Agence, une organisation secrète chargée de défendre la Terre A contre les menaces des super vilains.

Les systèmes ne répondent plus, c'est pourquoi Jean et Billy ont pour mission d'infiltrer l'ordinateur afin de découvrir ce qui s'y passe et reprendre la main dessus avant qu'il ne soit trop tard, mais rien ne se passe comme prévu...

Jean et ses amis prennent conscience qu'il leur faut absolument se débarrasser de Papou, l'ancêtre de Farine, qui s'apprête à engloutir le monde.

L'Agence découvre un nouvel écosystème dans le monde numérique, c'est alors qu'il décide de le préserver, sans quoi il sera détruit à jamais, mais cette nouvelle mission s'avère plus difficile et pousse les membres à se dépasser...

Jean et ses amis doivent intervenir au plus vite alors qu'un extraterrestre menace de désintégrer la Terre s'il ne retrouve pas le bras que Farine lui a volé.

Jean doit s'offrir une escapade dans les systèmes d'Eva afin de tenter de la sauver, mais c'est maintenant lui qui risque d'y laisser sa peau.

Pendant que Jean est somnambule, il se lève pour jouer au jeux vidéo et tombe sous le contrôle d'un moustique dirigée à l'aide d'une télécommande par la machiavélique Cassandra, qui est prête à tout pour détruire l'Agence...

Jean et WXT se démènent pour tenter de retrouver Farine, qui s'est fait enlever. A moins que ce dernier ne leur ait en réalité tendu un vilain piège.

Tandis que les agents font un exercice de survie en forêt, quelqu'un décide de profiter de cette diversion inespérée pour s'emparer de l'Agence.

A la suite de la mystérieuse disparition de Martha, Moignons se retrouve contraint de prendre la direction de l'Agence et de contrer l'attaque d'un robot géant.

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Henry et EVA se retrouvent sous l'emprise d'un virus. Dos au mur, Jean doit agir au plus vite et trouver un moyen de les sauver en moins de trente secondes.

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