Après les assauts sur Raas Kkhotskha, John-117 et son intelligence artificielle Cortana sont séparés. Six mois plus tard, la Silver Team est envoyée en mission pour évacuer les habitants de la planète Sanctuaire, qui résistent jusqu'à ce que le Covenant commence à gagner du terrain sur la planète...

James Ackerson n'a pas totalement confiance en la Silver Team. Donc il préfère envoyer l'équipe Cobalt en mission sur Reach. John-117 se confronte au témoignage de Perez sur les faits qui se sont déroulés au Sanctuaire. Mais plus tard, quand les Spartans de Cobalt ne donnent plus de signes de vie, John-117 rassemble la Silver Team pour aller les aider...

La Silver Team se lance dans une mission non autorisée sur Reach à la recherche de Cobalt. L'amiral Keyes met à pied toute l'équipe et relève John de ses fonctions. Laera, Kwan et Kessler doivent échapper à l'équipage de Soren. Cortana donne des informations préoccupantes à Ackerson...

Les Covenants attaquent l'humanité. John, Perez et la Silver Team font face à une force ennemie écrasante qui largue des bombes à plasma. L'amiral Keyes rassemble les forces de l'UNSC pour faire front. Halsey et Soren parviennent à quitter leur cellule et doivent se faire confiance pour fuir...

Après la défaite, les survivants peinent à se remettre sur pied. Sur Aleria, John doit affronter un terrible deuil. Soren et Laera cherchent leur fils disparu. Makee avance avec prudence tandis que l'impatience de l'Arbiter grandit.

John, Halsey, Soren, Laera, et Kwan se posent sur Onyx, près du quartier général secret de l'ONI. Pendant que John fait diversion, Soren et Laera se mettent en quête de Kessler dans le centre d'entraînement. Kwan et Halsey, elles, pénètrent dans une caverne des Forerunners...

John-117 se retrouve face à Makee. Ackerson interroge sa loyauté. La relation entre Soren et Laera se fissure. Halsey, Kwan et Miranda pénètrent dans un ancien laboratoire. En quittant les lieux, elles emportent un appareil qui contient toutes les recherches menées par le scientifique qui travaillait là...

La grande bataille pour le Halo commence. John fait un choix décisif. Soren et Kwan se lancent dans une mission de sauvetage. Halsey et Miranda libèrent une menace biologique venue d'un autre temps. Halsey est contaminée et, pour la sauver, sa fille doit agir vite, avant qu'elle ne se transforme en zombie...