Pour combattre les démons qui sévissent dans le monde en se nourrissant d'âmes innocentes, maître Shinigami (le Dieu de la mort) crée l'école Shibusen, qui forme des chasseurs d'élite, les Meisters. Chacun d'entre eux est aidé par une arme, un Soul Eater, qui peut prendre forme humaine et faucher des âmes des démons qu'elles tuent ou d'âmes humaines corrompues en les mangeant.