Krudsky le Magnifique, un magicien de carnaval raté, dérobe la lumière magique à Willow, la princesse des fées. Scooby-Doo et Sammy réagissent pour empêcher que tout le monde ne soit transformé en horrible monstre d'Halloween. Scooby-Doo et ses amis embarquent alors sur le Train de la mort en direction du monde fantastique d'Halloween, afin de récupérer le puissant Sceptre Goblin...