Les Tortues Ninja en fuite, Leonardo est perdu sans personne à diriger : il doit arrêter Bishop et ses Méchazoïdes tout en sauvant ses frères.

Pour sauver ses frères, Mikey a besoin de l'aide de Rod, le stagiaire de Bishop. Mais, en échange, Rod demande à être transformé en mutant.

Pris entre les Méchazoïdes et le gang des Dragons Pourpres, la force de Raphaël ne lui servira à rien. Il va devoir se servir de son ingéniosité pour se sortir de ce mauvais pas.

Donnie rivalise d'ingéniosité dans le métro de New York pour tenter d'échapper aux Méchazoïdes de Bishop. Mais comment contrer une IA qui anticipe tous vos mouvements ?

Pourquoi Bishop déteste-t-elle les mutants ? Quel est le secret des Méchazoïdes ? Et que s'est-il passé la nuit où les Tortues sont tombées dans le piège de Bishop ?

Les tortues vont affronter Bishop qui les attend de pied ferme en devenant Mécha-Bishop. Mais face à la révolte des Méchazoïdes, arriveront-elles à sauver l'humanité ?

Les Tortues et les Mutanimaux sont pris dans la tempête du siècle. Lorsqu'un nouveau groupe de mutants marins menace la ville, Raph intervient.

Mikey et Genghis sont envoyés faire des courses à l'épicerie, quand ils rencontrent Lee l'anguille. Mikey va devoir prendre les rênes et devenir un vrai chef.

Le repaire risquant d'être inondé, April décide d'aller sauver Splinter qui refuse de quitter les égouts ! Pour ne rien arranger, un mutant vient leur lancer un avertissement.

Donnie et Wingnut sont envoyés dans les égouts pour rétablir le courant mais ils se retrouvent coincés à cause des Trois de l'East River. L'eau monte et ils ne sont pas seuls.

Mustang Sally, l'hippocampe mutant veut inonder la ville et les seuls à pouvoir l'en empêcher sont Léo et Pete le pigeon ; être chef, ce n'est pas de tout repos !

Le plan des Trois de l'East River est à deux doigts de réussir. Les Tortues et les Mutanimaux font tout pour les arrêter, mais des questions subsistent.