A Moscou, Jason Bourne, ancien de la CIA, est traqué par un tueur envoyé par ses ex-employeurs. Ceux-ci ont par ailleurs utilisé ses empreintes pour l'impliquer dans l'élimination d'un indicateur qui allait les confondre à Berlin. L'agent Pamela Landy, qui ignore ces manipulations, est chargée de l'arrêter...