Cinq mois après sa confrontation avec Bloodsport, Peacemaker, miraculeusement remis sur pied, sort de l'hôpital. A son retour chez lui, il est attendu par des agents de l'ARGUS qui lui mettent un marché en main : soit il participe à une nouvelle mission, le projet Papillon, soit il retourne en prison...

Alors que la police d'Evergreen recherche l'origine du bang sonique, les inspecteurs Sophie Song et Larry Fitzgibbon ouvrent une enquête sur la mort d'Annie Sturphausen. Ils sont sciemment mis sur une fausse piste. De son côté, si Peacemaker a été tiré d'affaire par son équipe, sa maladresse fatale provoque la défiance de ses coéquipiers...

L'équipe de Peacemaker entame sa première mission qui consiste à assassiner le sénateur Royland Goff, son épouse et ses enfants, tous soupçonnés d'être des Papillons. Smith et Harcourt sont chargés de surveiller la maison de l'élu. Ils remarquent le comportement inquiétant de la famille Goff...

Après avoir arrêté Judomaster, le groupe le ramène à son quartier général. Chase conduit Smith chez Auggie pour y récupérer du nouveau matériel. Smith apprend alors que son père a été arrêté et décide d'aller lui rendre visite en prison. Auggie menace son fils de divulguer le projet Papillon à la police. Son attitude mettant en danger l'équipe, Chase et Adebayo décident qu'il faut l'éliminer...

Auggie met les inspecteurs Song et Fitzgibbon sur la piste de son fils dans le cadre de l'enquête sur le meurtre de Sturphausen. De son côté, l'équipe de Peacemaker découvre la façon dont les Papillons pénètrent dans leurs hôtes humains puis se nourrissent uniquement d'un liquide inconnu...

Après qu'Adebayo a découvert que Murn est un Papillon, celui-ci lui fait des révélations sur les raisons de la venue de ces parasites sur terre et sur son statut de dissident par rapport aux visées hégémoniques de Goff, leur leader. Song libère Auggie de prison et obtient un mandat d'arrêt contre Smith...

Se sentant trompé par Adebayo, Smith part avec Chase, Eagly et Economos à la recherche de la vache qui produirait tout le liquide nourricier dont les Papillons ont besoin. Ils sont malheureusement interceptés par Auggie et son armée. Pendant ce temps, Harcourt et Murn reprochent à Adebayo sa trahison. Tous trois sont bientôt cernés par un escadron complet de policiers Papillons...

La Ligue des justiciers a été sollicitée pour venir en renfort de l'équipe de Peacemaker, mais le temps presse. La vache doit être tuée avant que les extraterrestres ne la téléportent. Encerclés par les policiers Papillons, Smith, Harcourt et Chase parviennent à éliminer de nombreux assaillants...