Prowadzony przez ambitną i błyskotliwą agentkę specjalną Jane Tennant elitarny zespół NCIS w Pearl Harbor na Hawajach, w skład którego wchodzą: Kai Holman, Ernie Malik, Jesse Boone, Lucy Tara i Kate Whistler, prowadzi śledztwa w sprawach z udziałem wojskowych oraz dotyczących zagrożenia bezpieczeństwa narodowego. Pomagają im wykwalifikowani specjaliści i lokalni mieszkańcy.