Harley Quinn w końcu pokonuje Jokera i Gotham jest na wyciągnięcie jej ręki. Gotham albo to, co z niego zostało. Po ogromnym trzęsieniu ziemi wywołanym przez zawalenie się wieży Jokera miasto przemieniło się w zrujnowane pustkowie. Świętowanie Harley w tym nowo powstałym chaosie zostaje przerwane przez Pingwina, Bane’a, Mr.

Harley i Ivy działają pod przykrywką jako studentki college'u. Muszą pokonać Riddlera, który został dziekanem lokalnego uniwersytetu. Człowiek-Zagadka ma złowrogie plany wobec studentów – w tym Barbary Gordon, córki komisarza Gordona!

Harley i Ivy łączą siły z Catwoman, aby ukraść artefakt z muzeum, które zostało napadnięte przez samego Doktora Trapa. Tymczasem Doktor Psycho stara się udowodnić, że jest przywódcą, co Riddler wykorzystuje jako okazję do ucieczki.

Podczas infiltracji siedziby Freeze’a Harley i jej załoga wpadają w pułapkę. Członkowie ekipy stają się ludzkimi szczurami laboratoryjnymi. Złoczyńca przeprowadza eksperymenty, mające na celu znalezienie lekarstwa dla jego kriogenicznie zamrożonej żony, Nory. Tymczasem Kite Man i Ivy próbują zaimponować managerowi idealnej sali weselnej.

Bruce Wayne budzi się ze śpiączki i zastaje Gotham pogrążone w chaosie. Od razu przywdziewa kostium nietoperza, ale czy jego ciało wciąż jest na tyle silne, żeby unieść ego Batmana? Tymczasem Two-Face łączy siły z Banem, ponieważ z wielkich złoczyńców Gotham zostali tylko oni.

Harley i Ivy zauważają poprawę stanu psychicznego Jokera (który w zeszłym sezonie wpadł do normalizującego kwasu). Zastanawiają się, czy ludzie mogą się tak po prostu zmienić. W retrospekcjach Harley powraca do swojego pierwszego dnia w szpitalu dla obłąkanych pacjentów, Arkham.

"Sędzia" Two Face skazuje Harley i Ivy na dożywocie w więzieniu Bane'a: ​​olbrzymim dole w ziemi. Tymczasem Jim Gordon i Batgirl postanawiają odzyskać siedzibę policji Gotham z rąk Two Face’a.

Harley i Ivy czują się niezręcznie po pocałunku. Harley ucieka jak najdalej od swoich uczuć, a bieg wydarzeń prowadzi ją aż do Apokolips. W przeciwieństwie do Harley Ivy stawia czoła swoim uczuciom, a rodzice Kite Mana muszą się z tym pogodzić. Ivy czuje ciężar pocałunku z Harley, co z kolei wpływa na jej związek z Kite Manem.

Nadeszła pora na weekend panieński Ivy i kawalerski Kite Mana. Ivy i Harley w końcu rozmawiają o swoim pocałunku i zgadzają się, że był to niezwykle gorący moment. Harley urządza wieczór panieński Ivy na Themyscirze. Mimo że musi radzić sobie z trudnymi gośćmi (Pani Freeze, Kobieta-Kot, Jennifer), robi wszystko, żeby zapewnić Ivy niezapomniane chwile.

Harley zostaje odrzucona przez Ivy i teraz samotnie spędza Wigilię. Nawiązuje ponownie kontakt z poczytalnym Jokerem. Bez Ivy Harley potrzebuje nowego najlepszego przyjaciela, a rozsądny Joker wydaje się idealnym powiernikiem. Harley udaje się z nim do swojego ulubionego miejsca spotkań, czyli Wieży Wayne’a. Ich obiad zostaje przerwany przez zbiegłego Riddlera.

Żeby pokonać armię Psycho, Harley i Joker muszą znaleźć książkę z bajkami Fables, w której uwięziona jest Liga Sprawiedliwości. Książka jest ukryta w najgorszym możliwym miejscu – w domu byłej dziewczyny Jokera. Okazuje się, że pozbyła się ona książki, gdy zdała sobie sprawę, że spotyka się z geniuszem zła. Finalnie lektura wpadła w ręce ciekawskiego ParaDemona.

Darkseid zgadza się oddać świat doktorowi Psycho, jeśli ten przyniesie mu głowę Harley Quinn, ziemskiej kobiety, która czmychnęła z jego armią, nie wywiązując się z umowy. Psycho przejmuje kontrolę nad Ivy, co prowadzi do walki z Ligą Sprawiedliwości i ostatecznego starcia: Ivy kontra Harley!

W finałowym odcinku drugiego sezonu liczy się tylko wielki ślub! Ivy i Kite Man dokonują ostatnich przygotowań, ale ich wyjątkowy dzień zostaje zakłócony przez nadgorliwego i niedocenianego komisarza Gordona. Stróż prawa nie może się oprzeć rozbiciu przyjęcia, w którym biorą udział wszyscy najwięksi złoczyńcy Gotham.