Po tym, jak jej pierwsza randka z Leonardem kończy się niepowodzeniem, Penny znajduje niechętnego powiernika w antyspołecznym współlokatorze Leonarda, Sheldonie. Upokarzający sekret grozi zakończeniem ich kiełkującego romansu.

Penny i Leonard ścigają się, kto pierwszy otrząśnie się z rozstania. Gdy Leonard spotyka Penny z nowym przystojniakiem, sam wdaje się w przypadkowy związek z odwiecznym wrogiem Sheldona, Leslie Winkle.

Sheldon tworzy potwora, gdy pokazuje Penny świat gier online. Zwłaszcza że jej uzależnienie niebawem zaczyna siać spustoszenie w jego życiu.

Wysokie mniemanie o sobie zaczyna zagrażać relacjom Raja z innymi ludźmi. Mężczyzna wykorzystuje niedawno zdobytą sławę, by umówić się z Penny.

Sheldon zawsze panicznie bał się prowadzenia samochodu. Leonard postanawia wyleczyć go z tej obsesji. Wspólnie z gronem przyjaciół obmyślają kurację, która ma przekonać Sheldona, że prowadzenie to nie jest nic strasznego. Niestety teorie w praktyce sprawdzają się z różnym skutkiem.

Zainteresowanie młodej studentki Sheldonem wprowadza poważne zamieszanie - zarówno w jego życie, jak i u jego przyjaciół.

Sheldon i Penny wdają się w otwartą wojnę. Penny poprzysięga Sheldonowi zemstę po tym, jak ten zabrania jej wchodzić do mieszkania za kilka niewinnych wykroczeń.

Wolowitz znalazł kobietę swojego życia. Zakochany bez pamięci, nagle musi pogodzić się z nieodwracalną stratą. Jego wybranka poznała Leonarda i zakochała się w nim od pierwszego wejrzenia.

Leonard wreszcie ma dziewczynę, która nie irytuje Sheldona. Co więcej, nowa narzeczona Leonarda podoba się Sheldonowi o wiele bardziej niż sam by przypuszczał.

Leonard nie umie odmawiać. Gdy jego związek ze Stephanie zaczyna rozwijać się zbyt szybko, postanawia poprosić Penny o radę.

Boże Narodzenie przynosi tylko nerwy: Leonardowi, bo Penny zaczęła umawiać się z nowym przystojniakiem, pozostałym przyjaciołom - przez obsesję Sheldona na punkcie prezentowej etykiety.

Niewybredny komentarz Penny na temat życia uczuciowego Wolowitza kompletnie go paraliżuje. Przyjaciele tracą w ten sposób ważnego członka zespołu podczas zawodów robotów.

Sheldon próbuje zaprzyjaźnić się z Barrym Kripke. Mężczyzna nadzoruje sieć komputerową w laboratorium. Ma nadzieję, że kolega ułatwi mu do niej dostęp. Ponieważ zadanie nie jest łatwe, prosi znajomych o wypełnienie kwestionariusza, w którym mają wypowiedzieć się, dlaczego się z nim przyjaźnią.

"Proste" rozwiązanie Sheldona dla problemów finansowych Penny doprowadza do konfrontacji Leonarda z jej spakowanym byłym, Kurtem.

Leonard obawia się wizyty matki. Beverly jest psychoanalitykiem. Kobieta zawsze doprowadza go do szału. Leonard nie jest zaskoczony, że Beverly i Sheldon przypadają sobie do gustu. Howard, Rajnesh i Penny, którzy nie znajdują uznania w oczach pani Hofstadter, postanawiają iść do baru. Leonard przyłącza się do nich. Sytuacja zbliża do siebie Penny i Leonarda.

Gra w paintball przynosi nieoczekiwane skutki dla Leonarda i przyjaciół, zwłaszcza gdy doprowadza do awantury pomiędzy Penny i Sheldonem oraz romansu Wolowitza i Leslie.

Wycieczka pociągiem do San Francisco zbacza z trasy, kiedy Leonard, Sheldon, Wolowitz i Raj odkrywają, że wraz z nimi na pokładzie jest piękna aktorka science fiction, Summer Glau (którą znają z roli w filmie "Terminator: Kroniki Sary Connor").

Domowy biznes Penny oferujący ozdoby do włosów przeradza się w koszmar, gdy władzę nad nim przejmuje naszprycowany kofeiną Sheldon.

Drugi sezon nagrodzonego dziesięcioma statuetkami Emmy serial komediowy opowiadający o życiu błyskotliwych naukowców, którzy nie najlepiej radzą sobie w kontaktach społecznych.

Właściciel sklepu z komiksami i kumpel chłopaków, Stuart, umawia się z Penny. Leonard i Wolowitz postanawiają wyruszyć w miasto i trafiają na Ladies' Night w pobliskim barze.

Leonard i Koothrappali zabierają załamanego Wolowitza do Las Vegas. Sheldon zostaje bez wejścia do własnego mieszkania, więc musi zostać u Penny.

Sprawy przybierają pomyślny dla Leonarda obrót, gdy Penny czyni zaskakujące wyznanie dotyczące drugiej randki ze Stuartem. Wolowitz prosi przyjaciół o pomoc po odkryciu poważnego problemu w urządzeniu zrobionym dla NASA.

W finałowym odcinku drugiego sezonu Leonard i Penny zastanawiają się nad swoimi uczuciami. Penny jest niezadowolona, gdy Leonard i jego przyjaciele postanawiają spędzić lato, pracując na Biegunie Północnym.