Au XXVIe siècle, le Covenant, alliance d'extraterrestres, détruit un avant-poste terrien sur la planète Madrigal. La seule survivante retrouvée par les soldats venus au secours est la jeune Kwan Ha. Au cours de la mission, John-117, le MasterChief, découvre un artefact qui éveille des souvenirs d'enfance.