Un inquiétant personnage au visage caché par une capuche (du nom de Zarès) semble être sur la piste des Cités d'or. Il apprend d'un vieil inca que trois enfants ont déjà trouvé l'une des cités d'or et sont en possession d'une précieuse carte...

Six mois après avoir découvert la première cité d'or, et de retour à Barcelone, Esteban, Zia et Tao sont à la recherche des six cités manquantes...

Après un long voyage, nos héros arrivent dans le sud de la Chine et se posent dans la région de Guilin. Là, ils font la connaissance d'un jeune chinois, Zhi, et de son Panda Yang-Yang, qui les accueille dans son village en pleine cérémonie du Dragon.

Nos héros tentent d'échapper aux pirates grâce à une ingénieuse catapulte de bambous. Mais Esteban et Tao sont capturés et emmenés dans le camp pirate. De son côté, Mendoza convainc Zia d'essayer de piloter le Grand Condor pour tenter de voler au secours des deux garçons.

Tao et Esteban parviennent de justesse à échapper aux crocs de l'alligator de Pang Zi grâce à un inconnu qui fait diversion au milieu des pirates...

Les pirates attaquent le navire d'Ambrosius qui se transforme en une incroyable nef volante. En apprenant le contenu du message du Tambour sacré, Ambrosius pense qu'il s'agit très probablement du Dragon Jaune figurant sur un foulard impérial qu'il a en sa possession...

Nos héros décident de faire une halte dans la campagne chinoise à la nuit tombée. Là, ils tombent accidentellement sur des brigands (les Foulards Rouges) et doivent leur salut à l'intervention spectaculaire d'un moine combattant Shaolin du nom de Tian Li. Ce dernier les invite au monastère de Shaolin où ils pourront passer la nuit et soigner Mendoza blessé pendant la bagarre.

L'homme qui s'est introduit dans le dortoir a réussi à échapper à Esteban et Tao. Esteban soupçonne rapidement Bao Xingji, un maître instructeur...

Mendoza et ses deux acolytes partent à la recherche de Zhu et de Zia qui l'a rejoint. En regagnant la Nef, Ambrosius et Tao surprennent un homme qui tentait de voler la Pyramide de Mu ! L'homme s'enfuit. Pour Tao c'est sûr, il s'agit de Zarès !

Esteban et Zia découvrent ce qui ressemble à une Cité d'or. Cependant, le doute s'installe au cours de l'exploration des lieux. Et s'il s'agissait d'un laboratoire expérimental du peuple de Mu ?...

De retour dans la Nef, Esteban apprend de Li Shuang que ses ancêtres étaient des Atlantes ! Tao assiste à la discussion en catimini et encaisse sans rien dire. Mais il est clair que cette information le retourne car la Légende dit que le peuple de Mu et celui des Atlantes se sont livrés une terrible guerre à l'origine de leur disparition.

Au petit matin, Mendoza et les deux marins se mettent à la recherche des enfants. Un des sbires de Zarès fait mine de savoir où ils sont et les entraîne dans un guet-apens. Mais Mendoza livre bataille. Le chef prend la fuite, aussitôt poursuivi par les trois espagnols.

Tombés dans un des pièges du vieux fou qui a mis en place tout un système pour faire croire que le lieu est hanté et pour dissuader les curieux de s'approcher de \ ses yeux \, nos jeunes héros sont libérés grâce à l'intervention d'Ambrosius.

En survolant le canyon dans lequel ont basculé Mendoza et les deux marins, Esteban et Zia découvrent qu'ils ont miraculeusement échappé à la mort et assurent leur sauvetage (ils sont tombés dans une faille de la falaise). Heureux et soulagés, ils redécollent en direction du Tibet.

En regagnant la Nef, Ambrosius et les enfants découvrent que Mendoza a tenté de voler la pyramide de Mu ! Mais ne pouvant croire à sa culpabilité, Esteban l'aide à s'enfuir et le marin se sauve, accompagné de Sancho et Pedro.

Les jeunes héros et Ambrosius pénètrent dans la Cité en utilisant leurs médaillons. A l'intérieur du Mont Sacré, Esteban fait apparaître le soleil qui illumine enfin la Cité d'or...

Les jeunes héros et Ambrosius tentent de s'échapper avant que la Cité ne s'évanouisse à jamais. Mais dans la précipitation, Ambrosius disparaît...