Ben trouve une montre qui le transforme en alien avec des pouvoirs incroyables, mais des forces négatives veulent la récupérer.

Un vétérinaire fou crée un appareil pour transformer Washington DC en village préhistorique, et les animaux en bêtes mutantes.

Un homme appelé Jonah Melville vole les œufs du Krakken ce qui rend le monstre fou furieux jusqu'à terroriser le lac.

Ben visite sa grand-tante dans un village de retraités, mais découvre que des aliens ont pris l'apparence des résidents.

Vilgax envoie trois chasseurs de primes (Sixsix Crabe et Tetrax) afin de récupérer l'Omnitrix. Mais cette mission est loin d'être facile.

Ben visite Sparksville une ville pleine d'expositions étranges et libère accidentellement un alien Mégawatt avec un sens de l'humour plutôt dangereux.

Ben se lie d'amitié avec Kevin Levin, qui devient vite l'un de ses pires ennemis.

Rojo et ses amis blessent Max, qui devient un robot sous le contrôle de Vilgax.

Quand Zombozo un clown diabolique enlève Gwen Ben doit vaincre sa peur des clowns pour l'arrêter.

Lorsque Ben donne un porte-bonheur à Gwen cette dernière décide de devenir une super-héroïne appelée Mademoiselle Chance.

Ben, resté bloqué en alien, est capturé par Howell Wayneright et remis à l'Organisation des Chevaliers Éternels.

Ben a un rhume qui affecte ses aliens, tandis que Clancy, un homme qui contrôle les insectes, attaque Chinatown.

Ben rencontre celui qui deviendra son pire ennemi Vilgax qui a pour but de voler l'Omnitrix et de l'utiliser pour conquérir l'univers.