Alors que la saison débute, Jane et Lisbon s’efforcent d’éliminer des suspects de leur liste de John le Rouge potentiels, tout en enquêtant sur le meurtre d’un homme disparu depuis deux ans.

Jane découvre un indice important sur les méthodes de John le Rouge et l’équipe tombe sur quatre des suspects, Gale Bertram, Reede Smith, Ray Haffner et le Shérif McAllister, alors que le CBI enquête sur l’affaire d’un ingénieur logiciel tué par un drone.

Jane implique le CBI pour une affaire à Napa afin de concentrer sur le shérif McAllister, pendant que Van Pelt et Rigsby finissent enfin par se marier.

Jane révèle que la liste des faux John le Rouge dont il se sert a été volée, et l’équipe du CBI réalise que les hommes sur cette liste sont en danger.

Jane enquête sur l'assassinat d'un membre de Visualize, afin de trouver des indices menant à John le Rouge.

Jane rassemble les suspects Gale Bertram, Bret Stiles, Reede Smith, Ray Haffner et Tom McAllister pour démasquer John le Rouge.

Suite aux événements choquants chez Jane, la liste John le Rouge se réduit, et les suspects restants sont la priorité du CBI.

Patrick Jane se retrouve enfin face à John le Rouge, le tueur en série qu’il recherche depuis le meurtre de sa femme et de sa fille.

Deux ans après le dénouement de l’affaire John le Rouge, Jane a retrouvé la paix, mais une offre surprenante interrompt sa nouvelle vie et pourrait tout changer pour lui.

Le FBI demande à Jane de retrouver un programmeur, mais Jane exige que Lisbon soit impliquée.

Le FBI reçoit la mission de retrouver le tueur de plusieurs agents de la DEA, et Jane se rend à un rendez-vous avec une femme magnifique associée au dossier.

Jane et le FBI enquêtent sur un meurtre lié à l'espionnage, tandis que Rigsby et Van Pelt découvrent un complot inquiétant.

Jane tente de découvrir comment une avocate américaine est morte au Mexique sans qu'une trace de passage à la frontière ne soit enregistrée. Rigsby et Van Pelt demandent de l'aide à LaRoche.

Jane et Fischer enquêtent sur un meurtre sur un site de fracturation hydraulique, et Rigsby et Van Pelt rejoignent l'équipe pour découvrir qui traque d'anciens membres de l'équipe CBI.

Grace est enlevée par un tueur, et Jane doit utiliser ses dons d'observation pour la retrouver avant qu'il ne soit trop tard.

Jane piège des voleurs d'art avec ses collègues. Des étincelles se produisent entre Lisbon et un agent du FBI spécialiste du trafic d’art.

Patrick Jane et le FBI ont deux jours pour résoudre une affaire, avant qu'un homme innocent condamné à mort ne soit exécuté.

Lorsqu'une femme est retrouvée assassinée près d'un club d'élite, Jane doit trouver un moyen d'infiltrer les riches et les puissants pour y découvrir l'assassin.

Suite á une rencontre fortuite avec un individu douteux, Jane et Lisbon découvrent un large réseau de traite d'êtres humains. Pendant ce temps, Lisbon reste tenté par une offre de l'agent Marcus Pike (PEDRO PASCAL) de déménager à Washington avec lui.

La liberté de Jane est en jeu lorsqu'un grand jury est constitué pour décider s'il doit être jugé pour le meurtre de John le Rouge.

Jane traque le cerveau d'un réseau de kidnapping tandis que Lisbon doit choisir entre rester ou partir avec Marcus Pike à Washington D.C.

En finale de la sixième saison, une nouvelle piste pousse Lisbon à retarder son départ pour Washington, D.C., laissant le temps à Jane d’en venir à termes avec ses sentiments pour elle.