Durant l'ère Meiji, un ancien samouraï raconte l'ascension de guerriers redoutés, tandis qu'Hijikata trouve un but, des amis et son destin à Edo.

À Kyoto, Hijikata affronte Serizawa. La trahison, la perte et le retour d'un ami devenu assassin le plongent dans une nouvelle réalité brutale.

Hijikata retrouve Izo, devenu un redoutable assassin. Après leur duel tragique, il établit un code impitoyable pour protéger ses autres frères.

Le meurtre d'un jeune membre conduit Nagakura à l'exécution. Kondo sacrifie sauve son camarade et une trahison est dévoilée.

À 150 contre 10, Sannan élabore un plan désespéré. Harada part en mission suicide, gagnant du temps pour que ses frères d'armes puissent riposter.

Alors que la violence de Serizawa s'intensifie, Hijikata affronte celui qu'il considère comme son ombre. Ils conviennent d'un dernier affrontement.

L'unité lance un assaut frontal. Alors que ses camarades tombent pour lui ouvrir la voie, Hijikata, blessé, confie leur avenir à Okita.

Okita vainc Serizawa lors d'un ultime affrontement. Alors que l'ère des sabres touche à sa fin, une nouvelle puissance, Shinsaku Takasugi, émerge.