Lorsque Spock est touché par une maladie fatale aux Vulcains, l'Enterprise doit rencontrer un vaisseau transportant le seul remède existant, mais les pirates d'Orion l'attaquent, et Kirk doit les rattraper avant qu'il ne soit trop tard.

Au cours d'une mission de sondage planétaire, Kirk et Spock sont confrontés à Bem, un témoin insouciant.

Après avoir traversé un nuage inhabituel, l'ordinateur de l'Enterprise adopte un comportement espiègle, et potentiellement mortel.

Le Dr McCoy est arrêté et accusé d'être à l'origine d'une épidémie ayant ravagé la planète Dramia Deux, sur laquelle il avait organisé une inoculation de masse 19 ans plus tôt.

L'équipage de l'Enterprise rencontre un extraterrestre ayant visité la Terre dans l'Antiquité, connu sous le nom de Kukulkan, le dieu maya.

L'Enterprise tente de sauver un vaisseau non identifié fonçant dans une supernova, mais se retrouve dans un univers où le temps remonte. Leur seul espoir de rentrer chez eux est le contre-amiral Robert April, le premier commandant de l'Enteprise.