Voici un an, Alison, la meneuse de la petite bande formée par Aria, Spencer, Hanna et Emily, a disparu. Les quatre filles se sont juré de ne jamais plus parler de ce qui s'est passé cette nuit-là. Aria, de retour à Rosewood, est devenue une reine de beauté, et Emily s'interroge sur ses préférences sexuelles...

Aria, Spencer, Hanna et Emily essaient d'aller de l'avant après la découverte du corps de leur meilleure amie, Alison, morte un an auparavant. Le retour fracassant de Jenna, surgie de leur passé, les en empêche grandement. Jenna pourrait en effet en savoir long sur leur plus dangereux secret...

La communauté de Rosewood attend des filles qu'elles érigent un mémorial en l'honneur d'Alison. Elles s'y prêteraient de meilleur coeur si elles ne recevaient ces irritants messages mystérieusement signés d'un A inquiétant. Aria s'est réconciliée avec son père. La réapparition de Meredith lui déplaît...

Fatiguées d'être harcelées par leur mystérieuse correspondante anonyme, les filles décident de bloquer tous les messages émanant d'inconnus sur leur portable et leur boîte mail. Leur vie n'en devient pas plus simple pour autant. Plusieurs événements inattendus compliquent encore un peu plus la situation...

Les tentative d'ignorer les messages de A n'ont pas porté bonheur aux filles, qui doivent maintenant en payer le prix. Et le message, tracé au rouge à lèvres par la mystérieuse A, continue de les obséder. L'irruption d'un nouveau garçon bouleverse en outre les équilibres précaires entre les filles...

Il semble que Garrett et A échangent des messages via sa mère malade. Les filles interceptent l'un de ces messages et sont convaincues qu'elles en apprendront davantage si elles mettent l'église de Rosewood sous surveillance. Mais, à l'heure dite, au lieu de A, c'est l'inspecteur Wilden qui se présente...

Aria et Hanna font fausse route lorsqu'elles attribuent les blessures d'Emily à une agression de Toby. Elles la mettent en garde contre le jeune homme, insistant sur son passé douteux, afin de la dissuader de continuer à le fréquenter. A son réveil, Emily a la surprise de découvrir Jenna à son chevet...

Aria, Spencer, Emily et Hanna se préparent pour la célébration du jour anniversaire de la mort d'Alison. Le retour de Jason, le frère de leur amie disparue, les surprend. L'insupportable trublion est devenu un politicien élégant et sûr de lui, qui nourrit ses propres vues sur la commémoration à venir...

Une tempête dévaste Rosewood, alors que les filles s'apprêtent à fêter la fin de l'année scolaire. Spencer, Aria, Hanna et Emily se trouvent au coeur de situations dramatiques. Pendant ce temps, Byron se tourne vers Ashley pour obtenir un conseil car sa relation avec Ella prend une mauvaise tournure...

Un nouvel indice conduit la police à annoncer que Toby Cavanaugh est recherché pour le meurtre d'Alison. Les filles ont leur raison de penser que les enquêteurs se trompent de suspect. Le retour de Ian dérange les plans de Spencer. Les sentiments d'Aria pour Noel ne simplifient pas sa relation avec Ezra...

Le mystérieux A ne se contente plus d'agiter des menaces. Il est manifestement prêt à passer à la vitesse supérieure. Les filles vont non seulement devoir continuer à protéger leurs secrets, mais elles ont aussi intérêt à découvrir au plus vite ce qui s'est passé la nuit où Alison a disparu...

Hanna ne cesse de penser à l'anonyme A. Les filles tentent de la soutenir du mieux qu'elles peuvent, même si elles ont leurs propres problèmes à gérer. Spencer s'inquiète pour l'avenir de sa relation avec Alex. Emily s'interroge sur la réaction de ses parents. Aria et Fitz sombrent dans la paranoïa...

Aria trouve l'amitié naissante entre Mike et Noel de plus en plus suspecte. De son côté, Ezra est sur le point de démissionner de l'école pour préserver sa relation avec Aria. Spencer pense que Ian a un lien avec la disparition d'Alison. Hanna se souvient de l'époque où elle mangeait beaucoup...

Les filles regardent attentivement la vidéo que A a laissée et qui retrace ce qui a certainement été les derniers moments de la vie d'Alison. C'est à cet instant précis que Ian les surprend. Les filles se demandent si le mystérieux A fera une apparition au bal de Rosewood qu'elles préparent...

Les filles cherchent toujours l'identité du fameux A. Spencer part récupérer Jason, qui traîne une fois de plus au Rosewood. A cette occasion, Jason dit à la jeune fille qu'il a reçu la même photo qu'elle la nuit où Alison a disparu et que le détective qu'il a engagé lui a assuré que c'était un montage...

Spencer porte un intérêt soudain à Toby, qui est toujours en résidence surveillée. Pendant ce temps, l'amitié entre Caleb et Hanna grandit un peu plus chaque jour. Le jeune homme lui demande d'ailleurs de l'aider à mettre en place un de ses projets. Spencer et Ian continuent de se suspecter l'un l'autre...

Lorsqu'Aria comprend qu'elle et Hanna ont été les jouets de A, elle pardonne à la jeune fille. Hanna invite Caleb dans son repaire. Nick, le père de Paige, arrive très en colère à l'école avec la conviction qu'Emily a donné un traitement spécial à son équipe de natation. Pam s'arrange pour calmer les esprits...

Les doutes, les craintes et les soupçons d'Aria, Emily, Hanna et Spencer ne cessent de grandir. Elles commencent à s'interroger sur le bien et le mal. Il leur faudra du temps pour connaître enfin la vérité. Par ailleurs, Aria voit la pièce de théâtre de l'école comme une occasion de se rapprocher d'Ezra...

La police interroge séparément les quatre filles sur la vidéo de Ian et Alison. Quand les agents leur demandent s'il est possible que Ian soit attiré par les filles plus jeunes, elles ne disent rien de sa relation avec Spencer. Un policier demande à Garrett Reynolds, un voisin d'Emily, de mener son enquête...

Hanna apprend que Spencer est sous le coup d'un mandat de perquisition. Elle trouve ensuite un bijou dans le sac de Caleb et pense qu'il lui est destiné. Les filles se préparent à l'éventualité que la police vienne fouiller leurs domiciles. Voulant envoyer un message à Ezra, Aria se trompe de destinataire...

Aria, Emily, Hanna et Spencer découvrent qu'il est difficile de vivre avec un secret. Mentir est certes devenu une seconde nature pour elles, mais il leur est désormais impossible de mener une existence normale. Combien de temps Aria supportera-t-elle de ne pas s'afficher avec la personne qu'elle aime ?...

Les filles découvrent que quelqu'un les espionne depuis des années. Aria entend Byron inviter Ella à l'accompagner à une soirée de faculté. Celle-ci n'est pas certaine d'accepter. Pendant que la police fait irruption chez Ezra, Ashley essaie de réconforter Hanna et lui parle d'une lettre de Caleb...