Depuis plusieurs années Ben a rangé l’Omnitrix et se comporte comme un jeune adolescent normal. Mais alors qu’il s’apprête à aller voir son Grand père. Il découvre que Max a été enlevé. Ce dernier lui a laissé un message…

Ben et Gwen se mettent à la recherche de Max avec l’aide d’un policier de l’espace. Ils surprennent Kevin en train de vendre des armes à des aliens. Ce dernier accepte de faire équipe avec les Tennyson pour combattre les aliens.

Les fermiers de la petite ville de Grover’s Mill sont inquiets. Leurs champs sont incendiés. Il ne reste que des cercles étranges laissant penser que les aliens sont derrière tout ça.

Nos trois héros sont toujours à la recherche de Max. Kevin reprend contact avec un de ses anciens indics nommé Argit. Ce dernier lui parle d’un groupe d’aliens qui ont établi leur camp de base sur une vieille casse abandonnée.

Ben, Gwen et Kevin poursuivent leur route et tombent sur une zombie. Ils se mettent à sa poursuite et un charmant jeune homme ayant des supers pouvoirs vole à leur secours. Il s’appelle Mike Morning Star.

Ben, Gwen et Kevin partent à la recherche de Ken qui a disparu. Il a été enlevé par les ADNAliens et est détenu dans une mystérieuse usine. Grandpère Max est également parti sur ses traces. Arrivé sur les lieux il se fait capturer à son tour.

Ben se décide enfin à inviter Julie à passer la soirée avec lui. Il l’emmène à la fête foraine. Mais là une étrange créature l’oblige à se transformer et à protéger Julie.

Ben et Gwen rencontrent leur grand-mère Verdona, l’ancienne femme de Grand-Père Max. C’est une Anodite – un être d’énergie venu de la planète Anodyne – dotée de superpouvoirs. Elle voit en Gwen sa digne héritière et veut l’emmener sur sa planète.

Ben, Gwen et Kevin combattent un robot et gardent comme trophée sa main mécanique. Ben tombe sur les deux terreurs de l’école, Cash et JT, qui tentent de l’humilier mais c’est Ben qui réussit à se moquer d’eux. Vexé, Cash jure de se venger.

Ben, Gwen et Kevin découvrent sur une base militaire abandonnée une créature qui fait tout vieillir sur son passage. À la recherche de son origine, ils rencontrent un savant qui a mis au point une machine à voyager dans le temps.

La Confrérie des Chevaliers demande de l’aide à Ben pour éliminer son ennemi suprême : un dragon enfermé pendant mille ans qu’ils n’ont jamais réussi à détruire et qui vient de s’enfuir. Ben accepte mais en le combattant il découvre sa vraie nature.

Deux plombiers chasseurs d’aliens s’attaquent à Ben, Gwen et Kevin. À l’issue de plusieurs combats, Ben, vainqueur apprend aux deux jeunes chasseurs qu’ils sont eux aussi des aliens …

La fille de l’empereur Milleous a été enlevée par le chasseur de prime Sept Sept, encore plus puissant que son congénère Sic Six. Ben, Gwen et Kevin arriveront ils à sauver la fille de l’empereur qui en cas d’échec menace de faire exploser la terre…