En 1988, Tom Allen, un psychiatre, père de deux enfants, peine à se remettre de la mort de son épouse, survenue récemment. La disparition d'un élève d'une école catholique vient bouleverser son existence. A la demande du Cardinal de Sydney, Tom accepte d'officier en tant que conseiller pour prêtres...

Tom peine à se remettre de la mort de son épouse, puis de l'échec de sa relation avec Alice. Le corps du garçon disparu est retrouvé, assorti d'un message cryptique, suggérant que sa mort n'est pas le fruit d'un accident. Le père Andrassi devient un nouveau patient de Tom. De son côté, influencé par Brendan, Quaid s'interroge à propos des secrets qu'abrite son église...

L'évêque Quaid décide de s'intéresser de plus près aux allégations de Brendan. Cependant, Elliot devient, bien malgré lui, le centre de toutes les attentions. Quant à Brendan, il fait la connaissance de David, le fils de Tom. Une rencontre qui lui permet de pénétrer dans l'univers de Tom...

Tom fait part à l'évêque McNally de ses préoccupations au sujet de l'affaire en cours. Des confidences qui ne sont pas sans conséquence puisque peu après cette conversation, il découvre que sa maison a été cambriolée. Le psychiatre poursuit néanmoins ses investigations...

Les soupçons pèsent de plus en plus lourdement sur le père Andrassi. Tom fait le lien entre lui et la mort de Peter. Vincent, quant à lui, enquête sur les dernières affaires de prêtres pédophiles qui auraient été étouffées par l'Église. Après s'être réfugié dans une institution catholique pour échapper au père Andrassi, Elliot s'apprête enfin à révéler la vérité à Tom et à frère Warner.

Tom menace l'évêque McNally de révéler les conclusions de son enquête, ce qui fait monter la tension d'un cran. Parallèlement, avec Quaid et Margaret, il met tout en oeuvre pour mettre fin à la corruption qui règne au sein de l'Eglise. En agissant de la sorte, ils mettent tous trois en péril leur carrière professionnelle, de même que leur vie sentimentale...