Crona expérimente une nouvelle vie à l'école et finit par accompagner Maka, Black Star et Kid à une fête. Mais il tombe nez à nez avec la toute fraîchement ressuscitée Médusa...

Hero, un élève moyen, toujours aux ordres de ses camarades de classe, découvre la légende d'Excalibur et décide de retrouver la fameuse épée pour devenir un véritable héros...

Maka, Kid et Black Star parviennent à décupler leurs forces grâce à la résonance des âmes en chaîne et défont sans peine Mosquito, qui parvient néanmoins à s'enfuir avec l'Infusio. Il apparaît qu'il s'agissait d'un faux, le vrai étant entre les mains de Médusa.

Shibusen et Arachnophobia engagent un combat sur l'île perdue, afin de mettre la main sur l'infusio, un puissant artefact d'ensorcellement massif. Celui-ci se trouve à l'intérieur d'un dangereux champ magnétique, au sein duquel pénètrent Stein et Marie...

Maka, Kid et Black Star retrouvent Marie et Stein, ce dernier étant au bord de la rupture. C'est contraints et forcés que Marie et Stein sortent du champ magnétique, laissant à leurs élèves la tâche de retrouver l'Infusio. Maka, Kid et Black Star tombent alors sur Mosquito, qui révèle sa vraie puissance en prenant une nouvelle forme.

Maka, Kid et Black Star parviennent à décupler leurs forces grâce à la résonance des âmes en chaîne et défont sans peine Mosquito, qui parvient néanmoins à s'enfuir avec l'Infusio. Il apparaît qu'il s'agissait d'un faux, le vrai étant entre les mains de Médusa...

Les élèves de Shibusen sont déprimés après leur échec sur l'Île Perdue. Kid, de son côté, se pose des questions sur la véritable nature de Shibusen et tente de découvrir qui est Eibon en interrogeant Stein. Maka et Soul tentent de reproduire le Tranche-démon qu'ils sont parvenus à exécuter contre Mosquito, en vain. Enfin, un nouveau personnage, Beater Joe, arrive à Shibusen...

Beater Joe, alias BJ, s'attelle à une mission dont Maître Shinigami et lui connaissent la nature. Black Star perd confiance en lui, suite à la série de revers qu'il a connue récemment. Afin de tester sa force, il provoque Kid en duel, mais ne parvient pas à le vaincre. Arachné, elle, parvient à localiser le Grand Dévoreur.

Arachné parvient à négocier une alliance avec le Grand Dévoreur. Elka revient à Death City pour dire à Crona de retourner auprès de Médusa. Crona, après avoir trahi Shibusen, pense n'avoir plus d'autre choix que l'exil et quitte Shibusen sans prévenir personne. Maka se lance à sa poursuite et lui enjoint de rentrer, malgré sa trahison.

Médusa propose un marché à maître Shinigami : elle lui révèle la cachette de l'Infusio en échange d'une protection. Quand Arachné commence à répandre la folie sur Terre, maître Shinigami accepte la proposition de Médusa...

Alors que Stein a disparu de Shibusen et ne sait pas encore où aller, Crona et Marie décident d'aller à sa recherche. De son côté, Beater Joe découvre qu'il manque encore un artefact nécessaire au fonctionnement de l'Infusio.

Shibusen se prépare à lancer son offensive générale contre Arachnophobia, mais Maka a du mal à accepter le marché conclu avec Médusa et l'abandon des recherches du docteur Stein...

Tandis que le combat contre Arachnophobia se poursuit, Kid, Liz et Patty arrivent au Cercueil de Pierre, où ils doivent trouver le dernier artefact. Kid pénètre seul dans le Cercueil et doit affronter son gardien...

Marie et Crona parviennent au repaire de Médusa tandis que Maka et Soul le cherchent toujours. L'heure de solder les comptes est enfin arrivée, mais Marie et Crona doivent aussi affronter un Stein qui a totalement cédé à la folie...

Le combat fait rage entre Médusa et Stein d'un côté et Marie, Crona, Maka et Soul de l'autre. La tâche est difficile pour ces derniers car ils ne peuvent blesser Médusa, dont le corps appartient à la jeune Rachel...

Hero, un élève moyen, toujours aux ordres de ses camarades de classe, découvre la légende d'Excalibur et décide de retrouver la fameuse épée pour devenir un véritable héros...

Black Star, qui semblait mortellement blessé, se relève et vainc Mifune. Plutôt que de le tuer, il l'enjoint d'aller chercher sa protégée Angela. De son côté, Maître Shinigami active l'Infusio afin de transformer Death City en robot géant. Ainsi, MaîtreShinigami peut se rendre sur le champ de bataille.

Asura a été aspiré dans la Chambre de la Mort et un terrible combat s'engage entre Maître Shinigami et lui. Asura en profite pour exposer à tous le fruit de ses réflexions et la volonté qui l'anime.

Asura, blessé lors de son combat contre Maître Shinigami, s'enferme dans un cocon pour entrer en hibernation. Maka, Black Star et Death the Kid parviennent néanmoins à entrer à l'intérieur de celui-ci avant qu'il se ferme tout à fait. Le combat final s'engage, avec Soul comme chef d'orchestre.

Alors que chacun n'a d'autre solution que d'attendre à l'extérieur de la barrière, Black Star et Kid continuent leur bataille contre Asura mais sans grand résultat...

Maka ramène Soul de la folie, mais lorsque tous deux rouvrent les yeux, ils découvrent Black Star et Kid à terre, vaincus par Asura. Maka l'affronte seule, ne pouvant compter que sur son étrange pouvoir...