Maka Albarn et son compagnon Soul Eater capturent l'âme d'une sorcière afin de transformer le jeune homme en une arme que Maître Shinigami, le dieu de la mort, pourra lui-même utiliser. Leur choix se porte sur Blair, une jeune femme sans-gêne passée maître dans l'art d'utiliser les citrouilles...

Black Star et Tsubaki sont envoyés pour capturer l'âme maléfique du chef mafieux Alcapone mais reviennent bredouilles, le jeune homme un peu trop fougueux ayant fait capoter l'opération...

Le meister Death the Kid, fils de Maître Shinigami, se rend en Egypte avec ses armes Liz et Patty. Il n'a qu'un seul but : capturer une sorcière qui contrôle des momies...

Death the Kid, le fils de Maître Shinigami, a décidé de se forger lui-même ses propres armes. En compagnie des soeurs Thompson, il se rend dans les vestiges de la pyramide d'Anubis afin d'y déloger la sorcière qui s'y terre...

Maka, Soul, Black Star et Tsubaki doivent affronter le docteur Stein. Maka et Soul parviennent à exécuter une résonance des âmes et l'attaque spéciale tranche-sorcière.

Death the Kid décide de s'inscrire, avec Liz et Patty, à Shibusen. Pour son premier jour d'école, Death the Kid affronte Soul et Black Star, qui ne parviennent pas à synchroniser leurs longueurs d'âme et se révèlent incapables de lui faire face...

Soul et Maka se rendent en Italie afin de capturer l'âme d'un oeuf du Grand Dévoreur. Leur mission accomplie, ils détectent une étrange présence dans une église et décident d'aller voir de plus près. Ils y rencontrent Crona et son arme Ragnarok, qui émane de son corps...

Maka et Soul sont sur le point d'être tués mais Death Scythe et Stein parviennent à vaincre Crona. Médusa, la sorcière qui parlait et donnait des ordres à Crona, apparaît enfin et le sauve. Death Scythe, Stein et Maka retournent à Shibusen afin de faire soigner Soul...

Black Star est de corvée de rangement de la bibliothèque de Shibusen. Il y croise de nouveau Death the Kid et tous deux apprennent l'existence de l'arme ultime Excalibur. Ils partent à sa recherche, mais lorsqu'ils font la connaissance d'Excalibur, ils découvrent un personnage si pédant et imbu de lui-même qu'ils renoncent à l'utiliser...

Black Star et Tsubaki affrontent l'épée maudite Masamuné, qui est en fait le frère de Tsubaki. Ce dernier découvre que Black Star est issu du Clan Astral, qui semait autrefois la terreur. Black Star et Tsubaki finissent par localiser Masamuné, qui a pris possession du corps d'un jeune homme...

Tsubaki ne semble pas de taille face à Masamuné. Il l'accuse d'être responsable de son choix de s'engager dans la voie du Grand Dévoreur quand elle a hérité de toutes les techniques de leur famille. Alors que Tsubaki semble sur le point d'être vaincue, elle entend la voix de Black Star...

Maka souhaite devenir plus forte mais le Dr Stein lui révèle qu'il lui manque encore quelque chose. En effet, elle découvre qu'elle doit vaincre ses propres peurs. De son côté, Médusa affronte deux autres sorcières, Elka et Mizuné...