Danny et sa partenaire Maria Baez sont chargés d'escorter un convoi qui transporte une saisie de drogue. Mais le véhicule est attaqué et Maria est sérieusement blessée. Danny, qui se retrouve seul, poursuit son enquête sur l'attaque de ce fourgon. Frank, de son côté, doit gérer les conséquences d'un acte commis par l'un des policiers. Un certain malaise règne au sein du service...

Jamie refuse d'abandonner un officier qui a pourtant témoigné contre son équipier. Cela lui vaut les foudres d'Eddie et du reste de la brigade. Erin et Danny sont en désaccord au sujet d'une affaire en cours dont le principal suspect est laissé en liberté : un nouvel homicide est commis...

L'homosexualité d'un membre de la brigade a été rendue publique et son coéquipier ne veut plus patrouiller avec lui. La situation a des conséquences sur toute l'équipe : Danny et Baez se voient alors attribuer de nouveaux partenaires. Frank compromet ses relations avec le diocèse et sa hiérarchie en évoquant l'égalité au sein des forces de police...

Danny est mis en cause pour une arrestation trop musclée. Frank se retrouve dans une situation délicate, il est divisé entre le soutien à son fils et la réputation de la police. Pendant ce temps, Jamie rencontre une jolie jeune femme médecin avec qui il s'entend bien. Ce qui met mal à l'aise sa partenaire, Eddie...

Jamie intervient dans une dispute conjugale. Le petit ami de la jeune femme abusée n'apprécie pas l'ingérence du policier et le prend pour cible avec son arme à feu. De son côté, Frank doit faire face à un scandale politique impliquant des commentaires émis par Henry. Jugés sensibles par la presse, ces propos ont néanmoins été obtenus par la presse de façon illégale...

Frank et Danny sont déterminés à mettre la main sur un criminel international, qui a la fâcheuse tendance à échapper aux filets de la police et de la justice. Pendant ce temps, Erin est en plein questionnement : va-t-elle accepter de travailler pour un cabinet privé afin de subvenir aux frais de scolarité de Nicky ? Danny, de son côté, prend un mauvais départ avec son nouveau patron...

Frank est déstabilisé durant une interview télévisée par le procureur de district intérimaire. Pendant ce temps, Danny est de garde avec son nouveau patron quand une fusillade éclate. Il se rend compte que leurs méthodes d'investigation et leurs personnalités ne sont pas du tout compatibles...

Après une altercation avec un agent de police, un homme, blessé, est amené à l'hôpital. Mais la caméra fixée sur le policier s'est arrêtée au beau milieu de l'intervention et Frank doit faire face aux critiques de l'opinion publique. Pendant ce temps, Danny et Baez se démènent pour protéger un informateur qui n'a pas bénéficié du programme de protection des témoins...

Danny et Baez enquêtent sur les décès de trois leaders de la communauté juive qui ressemblent fort à des crimes de haine. Frank rencontre des membres de la communauté qui veulent s'assurer que ces crimes ne sont pas pris à la légère... De son côté, Linda décide, à la suite de son agression, de se munir d'une arme malgré l'avis contraire de Danny...

Frank recherche le tueur qui a tiré sur l'un des collègues de Henry il y a de nombreuses années. Danny et Baez, de leur côté, enquêtent sur une série de meurtres liée à des stars de cinéma pour adultes...

Danny découvre qu'un groupe de vétérans pourrait être à l'origine d'une série de braquages à New York. Pendant ce temps, une alerte à la bombe qui a provoqué un mouvement de panique dans le métro se trouve être qu'une oeuvre d'un artiste de rue. Garrett et le sergent Gormley ne sont pas d'accord sur la manière de gérer les retombées de cet incident...

Danny enquête sur les déclarations d'un jeune sans-abri qui affirme que sa tante a été tuée par son petit ami. Erin, de son côté, est furieuse quand McCoy la remplace dans une affaire impliquant un agent des services correctionnels...

Danny et Baez enquêtent car un propriétaire a tiré sur un intrus qui se révèle être un tueur à gages. En parallèle, une affaire de meurtre qui remonte à douze ans, instruite à l'époque par Erin, est rouverte par un jeune avocat, qui réclame justice au nom de sa mère. Le dossier est particulièrement délicat à traiter...