Cela fait plus d'un an que Jack Bauer a perdu sa femme. Bien qu'il ait quitté le CAT, le président Palmer lui demande de reprendre du service.

Jack Bauer accepte de reprendre du service pour aider la cellule anti-terroriste à trouver le groupuscule qui menace de faire sauter une bombe à Los Angeles.

Les menaces pesant sur Los Angeles s'intensifient tandis que Jack poursuit sa mission : empêcher l'attentat qui vise la CAT et remonter jusqu'aux terroristes.

Alors qu'une bombe a ravagé les bureaux du CAT, laissant Paula mourante, Jack retrouve la trace de Wald. Mais il assiste impuissant à son suicide.

Alors que Mason se prépare à interroger une ancienne connaissance, Jack Bauer reçoit des nouvelles plutôt mauvaises du président David Palmer.

Tandis que Jack est prêt à tout pour obtenir le nom du contact de Nina, Sherry prévient le président Palmer qu'une machination se prépare contre lui.

Jack et Nina arrivent à Visalia. Après les révélations de Sherry, Palmer demande à Mike Novick d'enquêter. Mason désire parler à son fils de toute urgence.

Tandis que Kim est arrêtée par la police, Nina réussit à soutirer des informations à Faheen. Kate fait des découvertes étonnantes sur son père.

Malgré les supplications de Jack, Nina, persuadée que son salut repose sur son silence, refuse de lui divulguer l'endroit où se trouve la bombe.

Tandis que Jack réussit à échapper à Nina et fait une découverte essentielle, l'enquête de la CTU sur les activités de Bob Warner semble progresser.

Après l'accident, Kim est toujours en fuite. Quant à Jack, il se rend à la mosquée, accompagné de Kate, la seule personne capable d'identifier le terroriste.

La mosquée est encerclée par les forces d'intervention de la CAT. Jack essaye d'obtenir des informations sur le terroriste Syed Ali auprès de l'imam.

Tandis que Kim se réfugie dans la cabane de Lonnie, Jack se rend au terrain d'aviation et Palmer apprend que la menace d'attentat le vise personnellement.

Tandis que Jack tente d'interroger Omar, Palmer convoque son ex-femme, qui nie être impliquée dans la menace d'attentat. Mason est de plus en plus faible.

L'heure à laquelle la bombe doit exploser ayant été déterminée, Jack veut parler à sa fille. Quant à Palmer, il tente de rassurer les habitants de Los Angeles.

Après l'explosion de la bombe, Jack Bauer est indemne et un hélicoptère vient le chercher dans le désert. Kim est convaincue que son père est mort.

Peu de temps avant sa rencontre avec Jonathan Wallace, le dernier survivant des Coral Snake, Jack Bauer parvient à trouver un allié de confiance.

Alors que Jack et Kate réussissent à échapper à un commando, les manifestations racistes se multiplient dans le pays, obligeant le Président à réagir.

La loyauté de l'équipe du président Palmer est remise en question. De son côté, Jack a bien du mal à prouver que l'enregistrement d'Ali est un faux.

Ryan Chappelle et ses hommes s'installent à la CAT, compliquant les choses pour Tony qui tente discrètement d'aider Jack, toujours aux mains du commando.

Tony et Chappelle s'opposent au sujet de la puce et du soutien de la CAT envers Jack Bauer. Palmer est en délicate position vis-à-vis de son cabinet.

Jack se retrouve face à face avec deux des conspirateurs. L'un peut prouver que l'enregistrement de Chypre est faux, l'autre en sait encore plus. Tony voit sa carrière menacée pour avoir aidé Jack, avec l'aide de Michelle. Kim retourne au domicile de son ex-employeur, Gary Matheson, pour récupérer ses affaires. Alors qu'elle se croit seule dans la maison, elle entend un bruit au rez-de-chaussée...

Chappelle est toujours introuvable, et les membres de la Division interrogent Tony. Jack, de son côté, essaye de raisonner Hewitt, tout en le poursuivant.

Jack réussit à convaincre Sherry de rencontrer Kingsley pour lui faire avouer qu'il est à l'origine de l'explosion. Kate a une dernière entrevue avec sa soeur.