C’est la Semaine de la Flotte à New York City, rendant la chasse à un officier de la marine parmi un océan de marins encore plus difficile pour Reese, Finch et Shaw dans le premier épisode de la troisième saison.

L'équipe aide un entrepreneur dont la vie est démantelée par un agresseur inconnu. Carter hérite d'un coéquipier inexpérimenté.

Reese et Finch appellent Carter, Shaw et Zoe Morgan (PAIGE TURCO) à l'aide, pour qu'elles utilisent leurs charmes féminins pour attirer un playboy caméléon, prédateur ou proie imminente.

La Machine révèle le numéro d'une importante avocate dont le mari a été assassiné. L'équipe doit rapidement trouver si elle est l'assassin ou si elle est piégée.

Shaw rencontre son égale, une fillette de 10 ans dont l’aptitude pour la surveillance pourrait expliquer pourquoi son numéro est apparu.

Root doit obtenir l'aide de Shaw pour une mission de la Machine, et prend des mesures extrêmes pour y parvenir.

Quand la machine sort le numéro d’un hypnothérapeute, l’équipe POI découvre qu’il n’est pas qu’un maître de l’esprit. Pendant ce temps, Carter suit la trace d’un antiquaire dont les affaires sont liées à l’organisation criminelle HR.

Quand la guerre avec l’organisation criminelle HR approche de son paroxysme, la machine sort 38 numéros d’un coup – tous connectés à un joueur inconnu.

L'équipe POI doit faire face à sa pire menace, alors que la lutte pour traduire en justice HR atteint son apogée et que Reese est en danger.

La Machine aide l'équipe à vaincre HR en révélant la corruption de l'officier Simmons.

Des flash-back sur le passé de Finch offrent des informations sur la création de la Machine. Par ailleurs, Reese quitte POI après la guerre contre l’organisation criminelle HR.

Dans la conclusion au suspense choquant de l’hiver, différents ennemis convergent vers l’équipe, sans Reese, alors qu’ils protègent un homme mourant dont le numéro est apparu.

Reese veut fuir son passé en prenant un vol international, mais la Machine a d'autres plans pour lui.

Reese revient à New York, mais lors de sa première mission depuis son retour, un renversement de situation entraîne l’équipe à planifier un casse de haut vol et risquer la prison.

Finch s'infiltre dans un centre d'appel d'urgences pour protéger un opérateur, mais il devient vite apparent que les menaces vont plus loin que celles anticipées par l'équipe.

Comment fonctionnait Finch avant l’Homme au costard ? Quand les secrets de son organisation avant qu’il enrôle Reese sont révélés, on découvre des liens choquants à des événements du présent.

La machine charge Root de retrouver un gardien au passé mystérieux, mais quand sa seule présence met en danger la vie de cet homme, Finch reçoit aussi son numéro.

Finch et Reese doivent faire de la politique quand le dernier suspect se met à traquer un diplomate des Nations Unies.

Reese et Shaw se retrouvent dans une réunion d’anciens élèves afin de surveiller le dernier numéro, Matthew Reed (NESTOR CARBONELL).

Reese se fait passer pour un agent secret afin de protéger un membre du Congrès qui peut empêcher Decima d'activer une deuxième machine.

Le cauchemar de M. Finch se réalise quand Decima utilise son ancienne fiancée, l'amour de sa vie, Grace Hendricks, pour le faire sortir de sa tanière.

Quand quelque chose empêche la Machine d’avoir une vue complète sur une catastrophe imminente, elle doit recourir à l’équipe pour la prévenir.

Tous les moyens sont permis pour empêcher l’activation du programme Samaritain.