Clark sauve la vie de Lana, puis découvre que son père ainsi que son vaisseau ont disparu.

Clark maîtrise son nouveau pouvoir pour arrêter une mutante qui a forcé Lex Luthor à l'épouser avant de le tuer.

Le Dr Hamilton souffre de tremblements aigus. Il provoque un accident de voiture à la suite duquel Pete découvre le vaisseau de Clark.

Clark est affecté par la kryptonite rouge qui souligne son agressivité. Il avoue ses sentiments à Lana puis jette son dévolu sur Jesse.

Sur la tombe de ces parents, Lana découvre des lettres d'amour déposées ici par un mystérieux poète. Clark n'aime pas cela et lui conseille d'être prudente. Ils retournent ensemble au cimetière afin de rencontrer cet étrange admirateur…

Clark combat une mutante et rencontre son grand-père désapprobateur. Lana découvre l'identité de son père biologique potentiel.

Rachel Donlevy arrive à Smallville afin de retrouver Lucas, le fils qu'elle a eu avec Lionel Luthor.

Ryan, un jeune garçon capable de lire dans les pensées, appelle Clark à son secours. Il est détenu dans un hôpital où on le traite comme un cobaye.

Ian, un brillant lycéen, drague en même temps Chloé et Lana. Clark découvre qu'il possède la capacité à se séparer en deux personnes distinctes.

Clark découvre une grotte remplie de symboles indiens relatant la légende de Naman, un être tombé du ciel doté de pouvoirs surnaturels.

Whitney rentre à Smallville après avoir été porté disparu, bien décidé à reconquérir Lana. Mais son comportement étrange attire l'attention de Clark.

Lex est furieux en découvrant que son père l'espionne et engage aussitôt des voleurs professionnels afin de cambrioler les coffres de LuthorCorp.

Quand on tire sur Lionel, Jonathan, aussitôt suspecté, est arrêté. Au cours de son enquête, Clark en vient à soupçonner Lex, mais les deux jeunes gens finissent par unir leurs forces pour trouver le vrai coupable.

Pete et Chloé sont infectés par un ver extraterrestre dissimilé dans les grottes indiennes. Ils deviennent accros au danger.

Lex retrouve Lucas, son demi-frère, mais Lionel tente de monter ses deux fils l'un contre l'autre. Il déshérite Lex qui trouve refuge chez les Kent.

Martha est infectée par des spores. Clark et Jonathan tentent de lui venir en aide mais quand Clark tombe aussi malade, il réalise sa vulnérabilité.

Clark est inexplicablement attiré vers les grottes indiennes. Il finit par placer la pièce octogonale activant son vaisseau dans l'un des murs.

Un lycéen nommé Cyrus, qui semble posséder certains des pouvoirs de Clark, est persuadé d'être un extraterrestre.

Au Talon, Lana est agressée par Andrew, un lycéen. En voulant la défendre, Clark blesse le jeune homme qui l'attaque en justice.

Des cambrioleurs dérobent de la kryptonite appartenant à LuthorCorp. Clark tente d'intervenir mais les trois hommes sont aussi forts que lui !

Lana est terrifiée en voyant réapparaître son amie d'enfance Emily, une petite fille de dix ans qui s'était noyée il y a des années.

Le Professeur Walden sort du coma et s'échappe de l'hôpital où Lex l'avait placé.

L'ordinateur de bord du vaisseau spatial, programmé avec les souvenirs et la voix de Jor-El, annonce a Clark qu'il doit quitter Smallville