Clark revient à Smallville reprogrammé en Kal-El. Déterminé à accomplir son destin, Kal-El prend son envol pour dérober un puissant cristal.

Clark et Lois enquêtent sur le meurtre apparent de Chloé, mais sont interrompus par un officier de l'armée, Sam Lane, le père de Lois.

Clark doit faire face à une nouvelle ennemie : Abigail Fine, une élève timide qui utilise la chirurgie esthétique pour améliorer son apparence.

Clark rejoint l'équipe de football de l'école et il devient quarterback après que l'ancien joueur se soit bagarré avec le nouvel entraîneur.

Après que Jonathan s'est fait voler son portefeuille, Clark utilise sa super-vitesse pour attraper le voleur, mais sans succès.

Clark perçoit une sonnerie stridente et douloureuse qui le pousse à se rendre dans la prison où est incarcéré Lionel Luthor.

Chloé est entraînée dans un pari illégal dirigé par un étudiant étranger, Mikail Mxyzptlk, et perd ses économies lors d'un match de football.

Après que Lana ait lu un livre de sortilèges, elle, Lois et Chloé se retrouvent possédées par des sorcières qui ont été brûlées sur un bûcher.

Après que Lex soit accusé d'avoir tué une jeune femme, Clark cherche à prouver son innocence et se tourne vers Lionel.

Une expérience secrète de Lex à la LuthorCorp tourne mal et provoque la libération d'une toxine dangereuse dans Smallville qui infecte des habitants.

Alicia soignée, Clark renoue avec elle. Lana veut reconquérir Jason en ayant des relations sexuelles.

Lana et Jason sont attaqués et presque tués par un ennemi invisible et Alicia semble être le suspect numéro un.

Afin de recruter Clark dans leur équipe de football, l'Université de Metropolis envoie leur meilleur joueur pour montrer à Clark les "avantages".

Pendant qu'elle conduit, Lois heurte un chien et le ramène à la ferme pour le guérir. Clark réalise que ce n'est pas un chien ordinaire.

Après avoir appris que Lex et Jason sont en Chine pour chercher un des mystérieux cristaux kryptoniens, Clark et Lana les suivent.

La petite sœur de Lois, Lucy, avec qui Lois ne s'entend pas, vient en ville et charme toutes les personnes qu'elle rencontre.

Lex contre Lex ! Après une explosion au laboratoire, Lex se sépare en deux, et son côté mauvais, Alexander, est libéré.

À son grand étonnement, Chloé est nommée pour la Reine du Bal et essaye de convaincre Clark et Lana de l'accompagner à la soirée.

Kevin Grady, un garçon qui peut faire perdre temporairement la mémoire aux gens, utilise ses pouvoirs sur Clark qui devient totalement amnésique.

Clark et Lana découvrent un bébé abandonné dans un champ de maïs et le ramènent à la ferme des Kent.

L'année scolaire touche bientôt à sa fin et Brendan, un étudiant photographe qui n'a pas eu la chance d'être accepté à l'université, se venge en congelant les élèves dont Chloé afin de les conserver dans un entrepôt reconstitué à l'effigie du lycée…

Lana s'est libérée d'Isabelle après avoir tué Geneviève. Lex lui apporte de l'aide dans l'intention de récupérer sa pierre.