Les enfants sont à peine arrivés au Japon qu'un tremblement de terre précipite le Grand Condor au fond de la mer. Vite repérés, Mendoza et ses hommes sont capturés. Esteban, Tao et Zia réussissent à s'enfuir et découvrent l'étrange objet d'orichalque qui a guidé le Condor jusqu'au Japon...

La nef d'Ambrosius s'écrase dans une rizière. Fait prisonnier, il rejoint Mendoza et ses hommes dans l'une des cellules du château. Pendant ce temps, les héros tentent de faire redécoller le Condor. Hélas, Zia et Mariko restent coincées à l'intérieur et ne peuvent regagner la surface alors que des requins rôdent...

Ayant récupéré le Condor, les héros échouent à faire s'évader Ambrosius, Mendoza et ses hommes qui, poursuivis par les soldats de Shimazu, doivent fuir dans la forêt. Les enfants s'envolent alors vers le temple d'Izumo, pour récupérer le bouclier miroir, leur seul indice sur la cité d'or. Malheureusement, en tentant d'entrer, Esteban tombe dans une rivière...

A Kagoshima, Mendoza et ses hommes renoncent à leur liberté pour sauver des enfants, piégés dans une maison en flammes. Ils sont à nouveau capturés, mais ont gagné, par leur courage, l'estime de Shimazu. Au temple d'Izumo, les héros profitent du tremblement de terre pour enfin approcher le bouclier miroir...

Au château, Shimazu exige de Mendoza qu'il lui livre le Grand Condor. A Izumo, les enfants découvrent que la prochaine cité d'or se trouve sous un volcan et que la clé encastrée dans le bouclier miroir a disparu. Ils demandent à Yoshi de les aide à localiser la clé tandis qu'Ambrosius décide d'éliminer Mendoza...

Profitant d'une visite d'Ichiro, Mendoza lui remet la boussole d'Ambrosius et un message pour les jeunes héros, annonçant sa prochaine évasion. Hélas, Ambrosius le surprend et, sous l'identité de Zarès, il attaque le jeune Japonais, récupère la boussole et s'évade avec sa nef. En soignant Ichiro, Zia remarque l'emblème sur son vêtement...

Mendoza et ses hommes retrouvent les jeunes héros chez Yoshi. Ils découvrent que la clé qu'ils recherchent se trouve sur le sabre du Daimyo Shimazu. Esteban laisse Gaspard s'évader pour qu'il prévienne le Daimyo de leur présence et l'attire jusqu'au piège qu'ils lui tendent. Les amis récupèrent enfin le sabre...

Les héros ont récupéré la clé sur le sabre de Shimazu et réalisent que leur ami Ambrosius n'est autre que l'infâme Zarès. Ils foncent à bord du Condor vers le volcan où ils pensent trouver la cité d'or. Une fois sur place, ils découvrent dans ses profondeurs une grotte mystérieuse...

Les jeunes héros échappent de justesse à l'attaque des crabes géants en se réfugiant dans la sphère d'orichalque qui flotte au milieu de la grotte. Stupéfaits, ils découvrent qu'il s'agit d'une sorte de navire qui les propulse dans les profondeurs sous-marines vers l'entrée de la troisième cité d'or...

Les enfants découvrent des couronnes permettant de déplacer l'orichalque par la pensée et le cristal qui a guidé le Thallios. L'éruption du volcan engloutit la cité. Les héros en réchappent, mais Zarès les attend à la surface. Il s'empare de la couronne et du cristal puis menace Mendoza...

Les jeunes héros quittent le Japon et suivent Ambrosius grâce au cristal qu'Esteban lui a remis. Ils poursuivent la nef jusqu'en Inde. Tandis qu'Ambrosius est accueilli dans un fort par ses hommes, les amis s'écrasent dans la jungle et sont pris en chasse par des inconnus...

Les héros rencontrent de jeunes Indiens dont les parents sont contraints de travailler pour Ambrosius, au fort de Patala. Sur leurs conseils, Tao et Zia explorent un vieux temple et y surprennent des alchimistes en train de dérober une fresque. Esteban s'introduit dans le fort, espérant y trouver son père...

Au fort de Patala, Esteban aperçoit son père prisonnier, mais doit prendre la fuite, poursuivi par Laguerra. Lors d'un duel, Mendoza découvre qu'elle est la fille du terrible docteur Laguerra. De retour au village, Esteban prévient les enfants qu'Ambrosius a l'intention de les kidnapper...

Les héros fabriquent un système pour cacher les enfants dans les arbres puis découvrent une rivière souterraine qui pourrait leur permettre de libérer les villageois. Au fort, Ambrosius demande à Tao de se joindre à ses recherches. Celui-ci réussit à retrouver Athanaos, tandis que Laguerra approche du village...

Grâce à Laguerra, les enfants parviennent à échapper aux hommes d'Ambrosius. Mendoza décide de libérer leurs parents à l'aube en rejoignant le fort par la rivière souterraine. Le Condor fera diversion. Malheureusement, Esteban et Zia en perdent le contrôle...

Zia fabrique un antidote capable de rendre sa lucidité au Raja, drogué par Ambrosius. Esteban réussit à réparer le Condor juste à temps pour faire diversion, permettant à Mendoza et ses hommes de pénétrer dans le fort. Alors que Mendoza va libérer Athanaos, Laguerra s'interpose. Esteban pénètre chez le Raja...

Guéri par l'antidote de Zia, le Raja ordonne qu'on arrête Ambrosius, dont les soleils noirs déclenchent des incendies. Laguerra s'échappe grâce à Mendoza et s'enfuit avec l'alchimiste. Les villageois libérés rejoignent les leurs et Esteban retrouve enfin son père. Mendoza comprend que sa mission est terminée...

Les héros découvrent une piste susceptible de les mener jusqu'à la quatrième cité d'or. Elle les conduit jusqu'en Arabie, à Ormuz. Mais Ambrosius leur tend un piège avec la complicité du gouverneur de l'île. Laguerra prévient Mendoza, en remerciement de son aide en Inde. Le médaillon de Zia est dérobé...

Chez Hwaga Fayat, l'antiquaire, les héros tombent sur Ambrosius, qu'ils font prisonnier. Hwaga Fayat leur indique la direction de la cité d'Akkad, mais Laguerra les espionne. Cernés par des gardes, les jeunes amis doivent se séparer. Mendoza et ses hommes rejoignent le port, tandis que les enfants décollent à bord du Condor, ignorant qu'Ambrosius s'est évadé...

Les héros volent vers Akkad. Après une pause mouvementée, ils découvrent enfin les ruines de la cité et sa ziggourat, la montagne de la lune. A Ormuz, Mendoza porte secours à Malik, laissant ses deux marins à bord de l'Esperanza qui part sans lui. Malik lui apprend l'évasion d'Ambrosius...

Les jeunes héros pénètrent enfin à l'intérieur de la ziggourat d'Akkad. Après avoir surmonté de nombreuses difficultés, ils réussissent à résoudre l'énigme qui leur permet d'accéder à la salle des voiles de Rana'Ori. Hélas, non seulement les voiles ont disparu, mais Zarès surgit derrière eux...

Les héros échappent à Zarès après lui avoir dérobé sa boussole, des pièces et une carte, pointant une oasis, Manfuha. Ils s'y rendent, espérant retrouver les voiles disparus, mais ils sont retenus par le maître des lieux, Jabbar. Dans le désert, Mendoza et les Bédouins entendent des bruits suspects...

Les héros découvrent les voiles de Rana'Ori. Jabbar veut les vendre à Zarès et lui livrer les enfants, qui lui révèlent que Zarès ne paye pas avec de l'or, mais avec de l'orichalque. Profitant de la bataille, ils s'enfuient avec l'aide de Laguerra. Dans le désert, Mendoza et ses marins veulent les rejoindre...

Les héros s'enfuient avec Laguerra et récupèrent le coffret in extremis. Mais ils découvrent que l'un des deux voiles a disparu. Dans le camp des Chaldis, Mendoza remporte un duel, sauvant sa vie et celle de ses marins, puis retrouve les enfants. Dans la nef, la pyramide de Mu s'active...

Grâce au second voile détenu par Hakim, les héros croient trouver le chemin de la cité d'or mais, suivis par Laguerra, ils aboutissent à une grotte qui s'effondre sur eux. Les Chaldis livrent un combat acharné contre la nef, mais Ambrosius leur échappe, récupère Laguerra et capture Mendoza...

Les héros pénètrent dans la cité d'or de Kûmlar et partent à la recherche du tombeau de la princesse Rana'Ori. Grâce aux plans de la pyramide de Mu, Ambrosius parvient à les doubler. Il s'empare du double médaillon de la princesse et veut se débarrasser des enfants. C'est à ce moment que la cité commence à se refermer, menaçant de tous les ensabler...