Jane et Kurt ont quitté le FBI pour se marier et vivre au Colorado. Mais quand ils sont attaqués en pleine nuit, ils comprennent qu'un contrat a été mis sur la tête de Jane via le dark web. Celle-ci est obligée de fuir et de se couper du monde. Kurt la recherche durant 18 mois, mais en vain...

Face à l'insistance de Roman, Kurt cherche à décoder le tatouage de Persée avec la nouvelle équipe du FBI, reformée sous la direction de Reade. Patterson obtient des coordonnées géographiques. Sur le terrain, Kurt et ses confrères assistent au crash d'un satellite, puis à son pillage par des hommes masqués...

Un tatouage de Jane met l'équipe sur la piste de Kevin Loewe, un riche homme d'affaires très influent à Wall Street, qu'elle soupçonne de se livrer à des spéculations frauduleuses. Au cours d'un gala de charité, Jane et Weller l'arrêtent en public, après le piratage de son serveur par Reade et Zapata...

Manhattan sombre dans la terreur à la suite de l'explosion de plusieurs bombes. Ces actes infâmes sont revendiqués par un terroriste. Déterminée, l'équipe tente de le pourchasser. Mais ce criminel dément semble disposer d'une longueur d'avance. Parallèlement, Jane apprend un secret datant de sa jeunesse...

Un nouveau tatouage mène l'équipe vers un entrepôt et une nouvelle boîte de preuves. Mais quand Jane et Kurt arrivent sur place, deux incendiaires tentent d'y mettre le feu. L'un des pyromanes permet de remonter une filière qui mène à des donneurs d'ordre de Kazahrussie. La boîte contient les dossiers de victimes de viols...

Un des tatouages amène l'équipe à soupçonner un réseau de financement occulte de films d'action dirigé par des mafieux russes. Le tournage couvre-t-il en secret de quoi commettre un attentat massif à New York. Patterson et Zapata mettent en place une contre-enquête contre Hirst. Roman enquête à Barcelone...

Guidée par Roman, l'équipe découvre qu'un tatouage dévoile une nouvelle molécule anticancéreuse, la Simsburine. Elle établit un lien entre la molécule en question et l'allié à l'oreille coupée de Hirst. Responsable des essais cliniques de cette molécule, Palmeri a également découvert un remède à un virus...

Toute l'équipe coordonne ses efforts pour neutraliser l'ennemi qui les met an danger. De leur côté, Jane et Weller tentent de maîtriser les conséquences d'un secret délétère...

Une alerte au FBI les amène sur un tatouage, révélant que deux ogives nucléaires stockées en plein New York ont mystérieusement disparu. Il s'agit d'une situation particulièrement dangereuse et il s'agit de retrouver au plus vite ces ogives. Weller et Jane manquent à l'appel : ils ont passé toute la nuit à se disputer après la révélation sur la fille de Jane et sa rencontre avec Weller à Berlin...

Malgré leur séparation, Jane et Weller travaillent ensemble. Reade s'intéresse à une affaire liée aux tatouages : des réfugiés sont menés aux Etats-Unis et sont impliqués malgré eux à des attentats. En secret, Jane a recontacté un mercenaire avec qui elle a déjà collaboré. La couverture de Roman est menacée…

Jane et Weller collaborent avec un partenaire mystérieux, tout droit surgi du passé de Jane. Parallèlement, l'équipe tente d'interrompre une vente d'armes...

Weller et l'agent qui l'a formé au FBI sont réunis dans le cadre d'une mission sous couverture. De son côté, Zapata interroge un ennemi surgi du passé...

Nergal, un boîtier renfermant un virus informatique puissant, a été dérobé à la NSA par un individu surnommé PopUp Kid. Celui-ci commence à faire de redoutables démonstrations de ce qu'il compte faire de son acquisition. Nas, qui travaille pour la CIA, retrouve l'équipe pour tenter de le récupérer...

Grâce à un tatouage, Patterson découvre que les rapports d'autopsie de trois soldats morts au combat ont été falsifiés. L'armée est convoquée au FBI. Parallèlement, des tests doivent être menés sur les cendres des soldats pour déterminer les raisons de leur décès. Mais la centrifugeuse explose dans le laboratoire...

Un avion-cargo de la CIA s'abîme dans l'East River. Appelés sur les lieux, Keaton et Zapata repèrent sur la carlingue un logo en lien avec un des tatouages de Jane. Ils découvrent que l'appareil a été fabriqué par une filiale de Crawford. Entre-temps, Cade fait irruption chez Jane et Weller...

Une source de la CIA menace l'avenir de l'équipe. La place de Rich au FBI est remise en question. Roman et Crawford passent une journée ensemble dans des circonstances étranges.

L'équipe du FBI et Avery assistent à un gala organisé par leur cible, Hank Crawford, dans l'espoir de l'arrêter. Roman se rapproche des Crawford.

L'équipe du FBI est confrontée à un péril qui met chacun des agents en grand danger. La loyauté de Roman est testée de manière édifiante.

L'équipe est confrontée au dossier Golden Rhino, un projet d'arme sonique ultrapuissante, développée par un certain Ganzman, pour le compte de la société Varnew. Un essai de cet équipement redoutable a occasionné l'accident de l'avion du général Baxter, qui en réclamait une démonstration...

Après avoir reçu des nouvelles inquiétantes du père d'Avery, Jane et Weeler traquent un criminel très discret. Le père de Patterson apporte son aide à l'équipe...

L'équipe cherche à découvrir ce que Crawford compte faire des codes de sécurité volés par Lynnette. Celle-ci refuse de donner la moindre information. Rich et Patterson tentent de faire parler son ordinateur. Entre-temps, Roman inspecte l'hôtel retenu pour le grand gala caritatif de Blake...

Jane et Weller traquent Roman là où tout a commencé. Ils ne sont toutefois pas sûrs de pouvoir l'arrêter. Le défi qu'ils relèvent est vital.