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Pour Ryan Hardy, la vie a repris un cours normal. Joe Carroll est dans le couloir de la mort et plus aucun de ses disciples ne fait parler de lui. Malheureusement, cette sérénité retrouvée ne dure pas. Après une série de meurtres atroces, Hardy réalise que Joe est toujours capable de sévir...

Ryan pense avoir trouvé le lien entre Andrew et Mark. En revanche, il ignore encore si les deux hommes connaissent Joe Carroll. Pendant ce temps, des dissensions profondes se font jour entre Mark, Kyle et Daisy...

Lors d'une conférence de presse, le FBI présente les portraits-robots de Kyle et Daisy. Ceux-ci commencent à se sentir en danger, d'autant plus que l'instabilité de Mark s'aggrave. Lorsqu'ils demandent à quitter la ville, Juliana, leur intermédiaire, refuse et insiste pour qu'ils passent à la suite...

Tandis que Mark, Kyle et Daisy préparent une attaque contre Ryan, le FBI reçoit une information anonyme qui permet à l'agence de prendre une longueur d'avance sur les criminels. Alors que s'ouvre un procès important, les événements dégénèrent...

Le procès de Strauss se prépare et le FBI renforce la sécurité autour du tribunal. Cité comme témoin, Ryan voit sa sincérité mise en cause par l'avocat de la défense, qui lui reproche d'avoir pénétré chez son client sans mandat, et d'y avoir placé des micros. Il produit aussi un e-mail le mettant en cause...

Ryan accepte de rendre visite à Joe tous les jours, si celui-ci le met sur la piste de Strauss. Joe pense qu'il a sans doute fait appel à un ami, un ancien élève ou un patient. En croisant divers facteurs, le FBI découvre que des affaires de personnes disparues ont toutes en commun la ville de Beacon...

Joe Carroll ne représentant plus une menace, Ryan et Mike se concentrent sur une nouvelle affaire. De son côté, Max réintègre les forces d'intervention.

Le FBI est à deux doigts d'arrêter un homme, que l'agence soupçonne d'être l'auteur des derniers meurtres. Mais Ryan est persuadé que Nick Donovan fait fausse route et décide de poursuivre l'enquête. De son côté, Joe est soumis à de nouvelles évaluations à quelques jours de son exécution...

Theo utilise ses compétences de hacker pour nuire à Ryan. Il s'infiltre dans différentes bases de données administratives. Il annule les cartes de crédit du policier et déclare le vol de sa voiture. Il s'introduit également dans le bureau de Juliana Barne où il vole des informations confidentielles...

C'est le jour de l'exécution de Joe. Vexé que Ryan ne veuille pas y assister, Joe prend en otages trois personnes au sein même de la prison et exige que Ryan vienne les rejoindre. Ce qu'il fait. Joe lui demande d'admettre que leur relation est très forte et que le lien existera toujours, même après sa mort...

Après l'exécution de Joe Carroll, Ryan se rend dans un bar où il boit beaucoup trop. Le lendemain matin, il se réveille dans le lit d'une inconnue. Lorsqu'il rentre chez lui, Gwen est hors d'elle. Le FBI a découvert la véritable identité de Theo, dont la famille a été massacrée par un tueur en série...

Daisy et Mark contactent Theo et lui proposent un marché : l'aider à se venger de Ryan Hardy en échange de son aide pour capturer Mike. D'abord méfiant, Theo finit par accepter et ne tarde pas à découvrir que celui qui s'est emparé du portable de Daisy est Tom. Daisy et Mark trouvent le corps de Sloan...

Ryan accepte le marché proposé par Theo et livre Max. Le FBI apprend l'endroit où ils se cachent ainsi que la trahison de Tom. Mike tente alors de fuir, mais Mark l'en empêche. Ne faisant plus confiance à personne, Daisy tire sur Mark, le blessant à l'épaule, ce qui le pousse à quitter les lieux...

Ryan renforce la sécurité de son entourage et des agents désormais menacés après l'agression de Mike. Gina Mendez et sa femme, ainsi que leurs deux enfants, sont confinés dans une résidence sécurisée équipée d'une chambre forte. Mais les deux agents du FBI qui veillent sur la famille sont neutralisés...

Theo emmène Ryan et Barton dans un bâtiment désaffecté perdu au milieu de nulle part. Il égorge Barton devant Ryan et s'apprête à le torturer physiquement quand Eliza et ses hommes arrivent. Eliza se met en tête d'interroger Ryan pendant qu'un de ses hommes torture Theo, mais tous deux s'échappent...