Les deux trains se sont séparés. Certains sont restés à bord du Transperceneige, dont Melanie, tandis que Layton et les passagers de la Belle Alice ont atteint le Nouvel Eden, à l'air libre. Neuf mois plus tard, alors que la petite communauté s'organise dans l'attente d'entrer en contact avec le Transperceneige, les survivants vont devoir faire face à une nouvelle menace…

Miss Audrey a réussi à rejoindre la communauté du Nouvel Eden pour les prévenir que le Transperceneige a été pris d'assaut et réquisitionné par l'amiral Milius et ses soldats de la force internationale du maintien de la paix. Ce dernier explique alors le sens de sa mission à Melanie : poursuivre la création de points chauds à travers la planète, en utilisant le train...

Après la mort de sa compagne et le kidnapping de sa fille, Layton veut rattraper le Transperceneige en utilisant la Belle Alice. L'énergie de la locomotive aidant à alimenter la communauté du Nouvel Eden, Layton demande à Javier de trouver une solution. A bord du Transperceneige, Ben et Till cherchent à découvrir les vraies motivations de Milius et du docteur Nima Rousseau...

Alors que la Belle Alice est sur le point de rattraper le Transperceneige, Milius contacte Layton pour l'assurer de ses bonnes intentions. Sentant un piège, Layton et Josie se faufilent à bord...

Milius propose à Layton d'échanger sa fille contre la Belle Alice. En accord avec le groupe, Layton accepte mais Ben, l'ingénieur, a gardé la possibilité de forcer manuellement la déconnexion entre les deux trains...

Isolé du groupe dans la base militaire, Layton rencontre d'autres survivants et apprend qu'il s'agissait autrefois d'un laboratoire international du maintien de la paix, mais que des essais cliniques ont causé de graves dommages sur les humains...

Tandis que Melanie revient à la base avec de nouvelles analyses, Layton se démène pour retrouver sa fille et Josie. Sur le point d'embarquer dans le Transperceneige pour finaliser le projet Gemini, Milius tente de se débarrasser de Wilford. La Belle Alice s'approche du Nouvel Eden mais les survivants ont découvert des bombes posées aux alentours du camp…

La Belle Alice parvient à rejoindre le Nouvel Eden, et les deux populations se retrouvent avec joie. Coincés dans le froid, Layton, Josie et Liana vont bénéficier de l'aide d'un vieil ami. Dans le Transperceneige, Alex, aux commandes de la locomotive, est soumise à la manipulation de Nima Rousseau…

Envoyée par Nima au Nouvel Eden pour récupérer la Belle Alice, Alex parvient à saboter le système de commutation des rails. Tandis qu'un affrontement fait rage entre les habitants et les soldats, Melanie va tout faire pour empêcher les projets du scientifique…

Alors que Nima Rousseau se barricade autour de la fusée, une ultime bataille s'engage dans le Transperceneige. Layton et son armée luttent pour remonter les wagons tandis que Melanie et Alex tentent de désamorcer la fusée avant son lancement dans la stratosphère…