Michael s'est projeté dans le futur pour empêcher Control d'annihiler toute vie. Elle arrive en 3188 à bord du vaisseau de Book, qui lui explique le sort connu jadis par la Fédération. La destruction de la majeure partie du dilithium a impacté tous les vaisseaux en vol de la galaxie...

L'USS Discovery s'écrase sur un glacier : le vaisseau est endommagé et des membres de l'équipage sont blessés, comme Keyla Detmer. Tandis que certains s'attèlent aux réparations, Saru et Tilly partent à la recherche de matériaux indispensables. Ils découvrent des mineurs oppressés par Zareh...

Lorsque Burnham parvient enfin à retrouver l'USS Discovery, ils se rendent ensemble vers la planète Terre. Ils espèrent y découvrir ce qui est arrivé à la Fédération des planètes unies en leur absence...

Burnham et Adira se rendent dans le monde natal des Trills, espérant parvenir à débloquer la mémoire de l'amiral Senna Tal, qui connaît l'emplacement secret du QG de Starfleet. A bord du Discovery, Saru tente d'aider l'équipage à se reconnecter...

Adira parvient à guider le Discovery jusqu'au quartier général de Starfleet. Pour gagner la confiance du commandant Charles Vance, Saru accepte que son équipage soit interrogé et le vaisseau examiné...

Le Discovery est mis à niveau pour pouvoir utiliser la technologie du XXXIIe siècle, notamment en matière de programmation. Le vaisseau de Book arrive sans personne à bord, avec un message datant de trois semaines. Burnham et Georgiou font fi des ordres de Saru et partent à la recherche de Book...

Burnham, qui doit accepter les conséquences de ses actes, est envoyée sur Ni'Var, nouveau nom de la planète Vulcain, afin de retrouver les données d'un projet scientifique qui pourrait être en lien avec le Brasier...

L'USS Discovery se dirige vers la planète dont est originaire Book pour le tirer des griffes d'Osyraa, désormais à la tête de la Chaîne d'Emeraude. De leur côté, Stamets et Adira cherchent toujours des informations sur l'origine du Brasier...

L'état de santé de Georgiou se détériore, aussi l'USS Discovery prend la direction d'une mystérieuse planète dans l'espoir d'y trouver un remède. En parallèle, Stamets et Adira ont décodé le message de détresse du Khi'eth...

Georgiou aspire à prendre la tête d'un empire terrien avec Burnham à ses côtés et décide de torturer celle-ci jusqu'à ce qu'elle se soumette à sa volonté. Elles partent en quête de Gabriel Lorca, l'ancienne conquête de Burnham...

Le vaisseau Discovery s'aventure dans la nébuleuse Verubin où Burnham, Saru et Culber réalisent, horrifiés, l'origine du Brasier, tandis que l'équipage est confronté à une menace...

Osyraa s'est emparé de l'USS Discovery et veut s'entretenir avec l'amiral Vance. Pendant ce temps, Burnham et l'équipage font face à de nombreux obstacles pour reprendre le contrôle de leur vaisseau...

Après l'échec des négociations avec la Fédération, la Chaîne d'Emeraude resserre son étau, et Osyraa attaque le quartier général de Starfleet. L'équipage du Discovery part à la reconquête du vaisseau...