Alors qu'il s'est vu confier temporairement le commandement de l'USS Entreprise en l'absence du capitaine Pike, Spock capte un message de détresse du lieutenant La'an Noonien-Singh. Après que l'amirauté a refusé qu'il se porte à son secours, Spock décide de passer outre les ordres de ses supérieurs...

Accusée d'avoir violé les lois anti-modification génétique de Starfleet en mentant lors de son recrutement, Una Chin-Riley s'apprête à passer en cour martiale. Elle risque la prison ou le bannissement. Pour la défendre, Pike a recruté la redoutable Neera Ketoul, avocate illyrienne des droits civiques...

Avant de mourir, un homme blessé donne à La'an une machine à voyager dans le temps. Celle-ci se retrouve alors propulsée dans une réalité alternative où la Terre est ravagée par une guerre et l'Enterprise est commandé par James T. Kirk. L'appareil les transporte tous deux à Toronto au XXIe siècle...

L'Enterprise est envoyé sur Rigel VII, une planète qui rend amnésique ceux qui y vivent. Pike et son équipage découvrent qu'un intendant de Starfleet, présumé mort lors d'une mission précédente, est devenu un dirigeant despotique. Toutes les nuits, ses ouvriers oublient jusqu'à leur identité...

Après un accident de navette, l'ADN vulcain de Spock se retrouve malencontreusement reconfiguré par des extraterrestres. Devenu entièrement humain, Spock doit néanmoins se préparer pour un rendez-vous important avec la famille de T'Pring, celui de leur rituel de fiançailles...

L'USS Enterprise rejoint l'USS Farragut pour réparer une raffinerie de deutérium. Aussitôt, Nyota Uhura se met à entendre un son étrange qui déclenche chez elle des hallucinations terrifiantes et ravive le traumatisme de la mort de ses parents. Mais l'enseigne n'est pas la seule à présenter ces symptômes...

Au XXIVe siècle, un accident survenu lors d'une mission d'exploration d'un portail temporel propulse l'enseigne Bradward Boimler à travers le passé jusqu'à l'USS Enterprise. Le capitaine Pike et son équipage doivent le ramener à son époque avant qu'il ne perturbe le cours de l'histoire...

Le capitaine Pike et son équipage accueillent le général Dak'Rah, un déserteur klingon. Ortegas, M'Benga, et Chapel, tous trois vétérans de la guerre entre la Fédération et les Klingons, se méfient du nouveau venu. Ils ont été témoins des atrocités commises sous son commandement pendant le conflit...

Pour tester une anomalie subspatiale qui pourrait permettre de tripler la vitesse des communications, Uhura envoie une chanson de comédie musicale. L'anomalie réagit en déployant un champ quantique qui pousse tout l'équipage à chanter de façon incontrôlée. Le champ s'étend ensuite et menace toute la galaxie...

Lors du ravitaillement de la colonie de Parnassus Bêta, située à la frontière de la Fédération, l'USS Cayuga est attaqué par des Gorns. L'USS Enterprise se porte au secours de l'équipage, mais se voit refuser par l'amiral April l'accès à cette colonie désormais revendiquée par les Gorns...