Cole Young et ses coéquipiers apprennent qu'une nouvelle menace terrifiante plane sur l'univers. Alors qu'ils viennent tout juste de mettre un terme au règne de l'empereur Shang Tsung, ils découvrent que Shao Kahn, un tyran sanguinaire, souhaite à son tour s'attaquer à la Terre et à ses habitants...