Sous le commandement du capitaine Kirk, le vaisseau "Entreprise" et son équipage sont chargés par la Fédération unie des Planètes d'explorer les confins de l'univers, afin d'y trouver toute trace de vie. Quatre ans après la fin de la série télévisée originale, cette série d'animation permettait aux fans de retrouver leurs sémillants héros dans de nouvelles aventures spatiales.