Naruto wciąż sprawia kłopoty w Wiosce Liścia, ale kradzież Zwoju Pieczętowania ujawnia w nim ukrytą moc. To pierwszy znak, że ten 12‑latek może mieć przed sobą o wiele większe przeznaczenie, niż wszystkim się wydaje.

Naruto kończy Akademię i poznaje Konohamaru, który od razu widzi w nim wzór do naśladowania. Ku protestom Ebisu, Naruto uczy chłopca chaotycznego „Sexy Jutsu”, pokazując, jak nieprzewidywalny.

Naruto trafia do drużyny z Sakurą i Sasuke, którzy za nim nie przepadają. Chcąc zaimponować Sakurze, udaje Sasuke, wywołując chaos i komplikując relacje w nowo utworzonym zespole.

Drużyna Naruto poznaje swojego mistrza, Kakashiego, który przedstawia im brutalny test — tylko dwóch uczniów może przejść dalej. Nie wiedzą, że Kakashi dotąd nie przepuścił ani jednego zespołu.

Podczas wymagającego testu drużyna szybko odkrywa, że indywidualne popisy nie wystarczą. Dopiero gdy uczą się współpracy, Kakashi uznaje ich za pełnoprawny zespół ninja.

Zmęczony nudnymi zadaniami, Naruto domaga się prawdziwej misji. Hokage wreszcie zleca im eskortę zrzędliwego budowniczego mostu, Tazuny. Naruto czuje, że zaczyna się prawdziwa ninja‑przygoda.

W Kraju Fal drużyna odkrywa, że tyran Gato kontroluje okolicę. Zabuza atakuje Tazunę, a Naruto po raz pierwszy staje naprzeciw prawdziwego zabójcy ninja, pełen ekscytacji i obaw.

Podczas starcia Kakashi zostaje uwięziony w Wodnym Więzieniu. Naruto, pamiętając swoją obietnicę, odmawia ucieczki. Postanawia walczyć, mimo że sytuacja wydaje się beznadziejna.

Dzięki sprytowi Naruto Kakashi odzyskuje wolność i pokonuje Zabuze. Nagle pojawia się tajemniczy ninja‑tracker, który „dobija” Zabuze jednym ruchem, co uświadamia Naruto brutalność świata ninja.

W domu Tazuny Kakashi podejrzewa, że Zabuza wciąż żyje. Rozpoczyna trening kontroli chakry dla Naruto, Sasuke i Sakury, szykując ich na nieuniknione, nadchodzące starcie.

Sakura odkrywa trudne życie mieszkańców Kraju Fal, podczas gdy Naruto i Sasuke wyczerpują się treningiem kontroli chakry. Tymczasem młody Inari, naznaczony tragedią, nie wierzy w szanse ninja przeciw tyranii Gato.

W czasie treningu Naruto spotyka tajemniczą postać, która mówi mu, że prawdziwa siła rodzi się z potrzeby ochrony bliskich. Słowa te głęboko go poruszają, zanim nieznajomy nagle znika.

Zabuza powraca z zamaskowanym towarzyszem. Sasuke i tajemniczy ninja rozpoczynają zaciętą walkę, jakby od dawna byli sobie przeznaczeni. Ich pojedynek ujawnia niezwykłe talenty obu stron.

Sasuke zostaje uwięziony w Lustrzanych Kryształach Haku. Naruto próbuje pomóc, lecz również wpada w pułapkę. Haku, korzystając ze swego dziedzicznego Kekkei Genkai, atakuje z prędkością, której nie potrafią dorównać.

Widząc przewagę Haku, Kakashi przygotowuje się do użycia Sharinganu. Zabuza jednak twierdzi, że poznał już jego sztuczki i opracował sposób, by zneutralizować każdy ruch Kakashiego.

Choć ciężko ranny, Sasuke budzi w sobie moc Sharinganu. Gdy Haku atakuje osłabionego Naruto, Sasuke zasłania go własnym ciałem, poświęcając się w najważniejszym momencie walki.

W gniewie po upadku Sasuke Naruto uwalnia potężną chakrę Dziewięcioogoniastego. Haku rozumie, że nie może wygrać, i błaga Naruto o śmierć — wierząc, że tylko tak może odpłacić Zabuzy za daną mu szansę.

Haku prosi Naruto o dobicie go, ale Naruto kwestionuje sens życia poświęconego jedynie walce. Rozdarty między współczuciem a obowiązkiem, nie potrafi zaakceptować jego zgubnej filozofii.

Naruto staje naprzeciw Zabuzy, oskarżając go o obojętność wobec Haku. Wzruszony słowami chłopca, Zabuza ukazuje swoje prawdziwe uczucia i rusza samotnie przeciw wrogom, gotów zginąć u boku przyjaciela.

Po powrocie do Liścia Naruto czuje się niespokojny — po doświadczeniu prawdziwej walki pragnie stać się silniejszy. Gdy wioska szykuje się do egzaminów na Chūnina, Naruto zyskuje nową motywację do działania.