Drugi etap rozpoczyna się w Lesie Śmierci — brutalnej walce o przetrwanie. Drużyny muszą zdobyć przeciwny zwój i dotrzeć do wieży. Anko daje tylko jedną radę: „Nie dajcie się zabić”.

W lesie pod Naruto podszywa się intruz. Sasuke wykrywa oszusta i obezwładnia „Naruto”, po czym rusza w pościg. Wróg znika, zostawiając drużynę w niepewności co do zagrożeń, które na nich czekają.

Przerażający ninja z Wiatru atakuje Sasuke i Sakurę. Naruto, wściekły i zdeterminowany, rzuca się do walki, ujawniając swoje ukryte moce. Tymczasem egzaminatorzy odkrywają, że Orochimaru przeniknął do egzaminu.

Walka się zaostrza — Sasuke odzyskuje wolę walki i wykorzystuje Sharingan. Wróg ujawnia się jako Orochimaru i naznacza Sasuke przeklętą pieczęcią, po czym znika, pozostawiając go w bólu i chaosie.

Anko wyczuwa obecność Orochimaru i rusza za nim, lecz nawet jej umiejętności nie wystarczają, by go powstrzymać. Sakura, wyczerpana opieką nad Naruto i Sasuke, zostaje zaatakowana przez ninja Dźwięku — do czasu, aż Lee staje jej w obronie.

Lee samotnie walczy z trójką ninja Dźwięku, używając Pierwotnego Lotosu — jednak zostaje pokonany. Sakura, wstrząśnięta własną bezsilnością, w końcu staje do walki, postanawiając chronić towarzyszy za wszelką cenę.

Gdy Sakura nie ustępuje w walce z ninja Dźwięku, pojawia się Ino wraz ze swym zespołem. Formacja Ino–Shika–Cho rusza do pomocy, próbując powstrzymać przeciwników i ochronić wyczerpaną drużynę Naruto.

Ninja Dźwięku wycofują się po ujrzeniu przerażającej mocy przeklętej pieczęci Sasuke. Tymczasem drużyna Kiby dociera do wieży i wspomina mrożącą krew w żyłach aurę, jaką wcześniej wyczuła od Gaary.

Naruto i jego drużyna odpoczywają, lecz czas się kończy. Została tylko doba do zakończenia egzaminu, a Naruto wpada na pomysł otwarcia zwoju, by stworzyć jego kopię — nie wiedząc, że to ściśle zakazane.

W drodze do wieży Naruto, Sasuke i Sakura trafiają w genjutsu ninja z Deszczu. Zmuszeni chodzić w kółko i walczyć z nieskończonymi klonami, muszą znaleźć sposób na przerwanie iluzji, nim Sasuke ulegnie pieczęci.

Po dotarciu do wieży drużyna otwiera oba zwoje, a przed nimi materializuje się Iruka, ogłaszając ich sukces. Anko informuje Hokage o pojawieniu się Orochimaru, lecz mimo zagrożenia egzaminy mają trwać dalej.

Dwudziestu jeden ocalałych staje przed Hokage, który wyjaśnia, że egzaminy to symulacja wojny między wioskami. Ponieważ do trzeciego etapu dotarło zbyt wielu ninja, ogłoszone zostają natychmiastowe eliminacje.

Pierwszy pojedynek to Sasuke kontra Yoroi. Nie mogąc użyć mocy przez reakcję pieczęci, Sasuke kopiuje styl Rock Lee i przejmuje inicjatywę. Mimo osłabienia zadaje decydujący cios i wygrywa walkę.

Kakashi usuwa pieczęć z szyi Sasuke, a Orochimaru pojawia się, by ujawnić swoje plany wobec Uchiha. Tymczasem Shino walczy z Zaku, którego ukryta technika ma go zaskoczyć — lecz to Shino kontroluje przebieg starcia.

Misumi atakuje Kankuro, wyginając ciało dzięki swojej technice, lecz okazuje się, że chwyta jedynie marionetkę. Kankuro przejmuje kontrolę nad walką. Następnie Sakura i Ino, dawne przyjaciółki i rywalki, mierzą się ze sobą, a Ino próbuje przejąć ciało Sakury Jutsu Umysłu.

Sakura i Ino wymieniają ciosy, ich umiejętności są wyrównane. Ino udaje atak, by użyć Jutsu Przeniesienia Umysłu i zmusić Sakurę do poddania się. Przejmuje jej ciało, lecz Sakura walczy, nie chcąc ustąpić dawnej przyjaciółce ani rywalce o Sasuke.

Tenten zasypuje Temari bronią miotaną, lecz ta paruje wszystko swoim wachlarzem i pewnie wygrywa. W kolejnej walce Kin początkowo dominuje, lecz Shikamaru sprytnie używa Jutsu Cienia, by unieruchomić przeciwniczkę i zakończyć pojedynek.

Naruto staje naprzeciw Kiby i Akamaru. Ataki Kiba potęguje Jutsu Czterech Łap. Naruto, mimo kłopotów, kontruje technikami klonów i transformacji. Po użyciu bomby dymnej Naruto zaskakuje Kibę i udowadnia, że jest godnym przeciwnikiem.

Kiba i Akamaru po Pigułkach Żywnościowych wzmacniają Chakrę i ruszają do kontrataku. Naruto przechytrza silny węch Kiby dzięki transformacji i przygotowuje tajną technikę. Walka nabiera tempa, a Naruto sięga po nowy, zaskakujący atak.

Hinatę i Nejiego dzieli konflikt między główną i boczną gałęzią klanu Hyuga. Neji dominuje agresją, lecz Hinata, wspierana słowami Naruto, nie ustępuje. Ich Byakugany ścierają się w pojedynku dumy i rodzinnych ran.

Neji trafia punkty nacisku Hinaty, blokując jej Chakrę. Mimo osłabienia Hinata przypomina sobie niezłomność Naruto i wraca do walki, przekraczając własne granice. Jej determinacja zaskakuje wszystkich obserwatorów.

W dziewiątej walce Lee staje przeciwko Gaarze i jego piaskowej obronie. Dzięki potężnemu Taijutsu Lee zaczyna przełamywać tarczę przeciwnika, aż Zbroja z Piasku pęka. Pojedynek staje się coraz bardziej intensywny.

Lee używa Pierwotnego Lotosu, lecz atak niszczy tylko zewnętrzną powłokę Gaary. Osłabiony Lee zostaje odrzucony, jednak dzięki wsparciu Guya decyduje się na ryzykowny krok i otwiera kolejne bramy Chakry, sięgając po Ukryty Lotos.

Lee otwiera pięć bram, ryzykując życiem dla zwycięstwa. Jego prędkość wzrasta, lecz Gaara odpowiada Piaskową Trumną. Po morderczej wymianie Lee traci przytomność, a pojedynek kończy się dramatycznym rozstrzygnięciem.

Choji mierzy się z Dosu, używa Ludzkiej Kuli, lecz przeciwnik zwycięża dzięki atakom dźwiękiem. Eliminacje dobiegają końca. Hokage ogłasza kolejny etap, a Orochimaru snuje własne plany, mając na celowniku Sasuke.

Przed trzecim egzaminem Kakashi przydziela Naruto Ebisu jako trenera. Ten każe chłopakowi ćwiczyć kontrolę Chakry, chodząc po wodzie. Naruto szybko opanowuje technikę, imponując mistrzowi, gdy nagle pojawia się tajemnicza postać.